Mots-Clés
pipelines
genomic data
Description
CDD Ingénieur de Recherche (IR) en Bioinformatique
Pipeline bioinformatique et analyse intégrative de données génomiques, transcriptomiques et épigénomiques d’un holobionte plante–champignon (ANR EPIMYC)
Contrat : CDD de 16 à 17 mois (selon expérience)
Prise de fonction : Automne à fin 2026
Employeur : Université d’Orléans
Laboratoire d’accueil : Laboratoire Physiologie, Écologie & Environnement (P2E) – UR 1207 – USC INRAE 1328
Équipe d’accueil : ARCHE (Arbres et Réponses aux Contraintes Hydriques et Environnementales)
Lieu administratif : Université d’Orléans
Lieu principal d’activité : CEA – Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Évry-Courcouronnes
Présentation des laboratoires
Le laboratoire Physiologie, Écologie & Environnement (P2E) de l’Université d’Orléans développe des recherches en physiologie végétale, génomique et épigénomique afin de comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans l’adaptation des plantes aux changements environnementaux. L’ingénieur recruté intégrera l’équipe ARCHE (Arbres et Réponses aux Contraintes Hydriques et Environnementales), reconnue pour ses travaux en épigénétique des arbres forestiers et en analyses multi-omiques.
Le projet sera mené en étroite collaboration avec l’équipe de Jörg Tost au CEA – Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH, Évry), référence internationale dans le domaine de l’épigénomique, offrant un environnement scientifique de haut niveau associant biologie, génomique, épigénomique et bioinformatique. LE CDD IR sera localisé au CEA à Evry.
Contexte scientifique
Le recrutement s’inscrit dans le cadre du projet ANR EPIMYC (2024–2028), coordonné par Stéphane Maury (P2e Université Orléans INRAE) et Claire Fourrey-Venault (IAM, INRAE Nancy).
Le projet EPIMYC vise à comprendre le rôle des mécanismes épigénétiques dans la mise en place et le fonctionnement de l’ectomycorhize entre le peuplier (Populus) et le champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor. L’originalité du projet repose sur une approche intégrative à l’échelle de l’holobionte plante–champignon. Les données produites permettront de caractériser simultanément les réponses moléculaires des deux partenaires au cours de leur interaction et d’identifier les mécanismes qui gouvernent l’établissement, le maintien et le fonctionnement de cette symbiose. Le projet mobilise plusieurs technologies de séquençage de nouvelle génération et produira des jeux de données de grande ampleur comprenant des données de génomique, transcriptomique et épigénomique obtenues chez les deux organismes.
L’analyse bioinformatique de ces données constitue un défi scientifique majeur, notamment par :
● l’utilisation simultanée de deux génomes de référence (plante et champignon) ;
● l’analyse de données issues de tissus colonisés contenant des ARN et ADN des deux partenaires ;
● le développement de stratégies robustes d’assignation des lectures de séquençage ;
● l’étude conjointe des réponses transcriptionnelles et épigénétiques de chacun des organismes ;
● l’intégration des différentes couches de données afin de construire une vision fonctionnelle de l’holobionte.
Le poste est développé en partenariat étroit avec le CEA – Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), où sera réalisée la majeure partie des développements bioinformatiques.
Missions
L’ingénieur de recherche aura pour mission principale de développer, mettre en œuvre et optimiser les pipelines bioinformatiques du projet EPIMYC ainsi que les méthodes d’analyse nécessaires à l’exploitation des données de séquençage.
Développement de pipelines bioinformatiques
● Développer des pipelines reproductibles pour les analyses de méthylome (EM-seq, Whole Genome Methylome).
● Développer les pipelines d’analyse RNA-seq.
● Automatiser les traitements bioinformatiques sur environnement Linux et clusters de calcul haute performance (HPC).
● Mettre en place des workflows reproductibles (Snakemake, Nextflow ou outils équivalents).
● Assurer la documentation, la maintenance et l’évolution des pipelines développés.
Analyses bioinformatiques
● Contrôle qualité des données de séquençage.
● Alignement sur les génomes de référence.
● Analyses de méthylation de l’ADN.
● Analyses transcriptomiques.
● Analyses statistiques sous R/Bioconductor.
● Gestion et organisation des données selon les principes FAIR.
Bioinformatique de l’holobionte
Le candidat participera au développement d’approches innovantes permettant l’analyse simultanée des données produites chez le peuplier et chez Laccaria bicolor.
Il contribuera notamment à :
● développer des stratégies adaptées aux tissus mixtes plante–champignon ;
● optimiser l’assignation des lectures entre les deux partenaires biologiques ;
● comparer les réponses moléculaires du peuplier et du champignon ;
● développer des approches permettant l’étude intégrée des interactions entre les deux organismes ;
● contribuer à la compréhension du fonctionnement moléculaire de l’holobionte.
Intégration multi-omique
Le candidat participera au développement d’approches intégratives permettant de relier les différentes couches de données biologiques (génomique, épigénomique, transcriptomique et phénotypage).
Les analyses utiliseront notamment des approches statistiques multivariées développées sous R, telles que mixOmics, DIABLO ou d’autres méthodes d’intégration multi-omique.
Valorisation scientifique
L’ingénieur participera :
● à l’interprétation biologique des résultats ;
● aux réunions scientifiques du consortium ;
● à la rédaction des rapports du projet ANR ;
● à la préparation des publications scientifiques internationales ;
● à la veille technologique et méthodologique en bioinformatique.
Technologies mises en œuvre
Environnement informatique
● Linux
● Clusters HPC
● Bash
● R / Bioconductor
● Python
● Git
● Snakemake
● Nextflow
● Docker / Apptainer (ou Singularity)
Analyses
● Méthylome
● Transcriptome
● Intégration multi-omique
● Statistiques multivariées
● Visualisation de données
Profil recherché
Formation
Master 2 en Bioinformatique, Biostatistiques, Informatique appliquée à la biologie ou diplôme équivalent.
Une première expérience (stage long, alternance ou jusqu’à un an d’expérience) en bioinformatique de la génomique sera appréciée mais pas obligatoire.
Compétences indispensables
● excellente maîtrise de Linux ;
● programmation en Bash et R ;
● expérience des environnements HPC ;
● bonnes connaissances des données de séquençage haut débit (FASTQ, BAM, BED, GFF, VCF…) ;
● maîtrise des pipelines bioinformatiques NGS ;
● utilisation de Git ;
● autonomie et capacité à développer des workflows reproductibles.
Compétences appréciées
● Python ;
● Snakemake ou Nextflow ;
● Docker ou Apptainer/Singularity ;
● Bioconductor ;
● analyses RNA-seq ;
● analyses de méthylation de l’ADN (BSMAP, Bismark, MethylDackel, methylKit, DSS ou outils équivalents) ;
● intégration multi-omique (mixOmics, DIABLO…) ;
● génomique comparée ;
● analyses impliquant plusieurs organismes, microbiomes ou interactions hôte–microorganisme.
Qualités attendues
● rigueur scientifique ;
● autonomie ;
● curiosité méthodologique ;
● capacité d’initiative ;
● aptitude au travail en équipe ;
● goût pour le développement de nouvelles approches bioinformatiques.
Environnement de travail
Le candidat intégrera un environnement scientifique de premier plan associant biologistes, bioinformaticiens, généticiens et plateformes nationales de séquençage.
Il bénéficiera notamment :
● d’un accès aux infrastructures de calcul haute performance du CEA-CNRGH ;
● d’un environnement informatique performant dédié aux analyses de données omiques ;
● d’interactions quotidiennes avec les équipes du CEA et du laboratoire P2E ;
● de collaborations nationales et internationales ;
● d’une forte implication dans les publications scientifiques du projet ;
● d’un environnement particulièrement favorable au développement de nouvelles compétences en bioinformatique des données multi-omiques.
Conditions de recrutement
● CDD de 16 à 17 mois.
● Rémunération selon les grilles de la fonction publique, en fonction du diplôme et de l’expérience.
● Poste administrativement rattaché à l’Université d’Orléans.
● Activité principalement réalisée au CEA – Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) à Évry-Courcouronnes, avec des interactions régulières avec le laboratoire P2E de l’Université d’Orléans.
Candidature
Les candidats devront adresser :
● un curriculum vitae détaillé ;
● une lettre de motivation ;
● les relevés de notes de Master 1 et Master 2 (ou diplôme équivalent) ;
● les coordonnées de deux personnes référentes.
Les candidatures sont à envoyer par courrier électronique à :
Stéphane Maury
Professeur des Universités
Laboratoire P2E – Université d’Orléans
✉ stephane.maury@univ-orleans.fr
et
Jörg Tost
Directeur de recherche
CEA – Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH)
✉ jorg.tost@cea.fr
Les candidatures seront examinées au fil de leur réception jusqu’au pourvoi du poste.