Mots-Clés

génomique NGS diagnostic cancérologie machine learning deep learning pipeline

Description

L’Institut Curie, premier centre français de recherche et de lutte contre le cancer, associe un centre de recherche de renommée internationale et un ensemble hospitalier de pointe qui prend en charge tous les cancers y compris les plus rares. Fondé en 1909 par Marie Curie, l’Institut Curie rassemble sur 3 sites (Paris, Saint-Cloud et Orsay) 3 900 chercheurs, médecins et soignants autour de ses 3 missions : soins, recherche et enseignement.

Mission :

Dans le cadre d’un surcroît d’activité, un CDD de 6 mois (avec possibilité d’extension) est disponible à partir de fin Octobre / début Novembre (entretiens à prévoir fin Septembre / début Octobre) au sein de l’unité de Bioinformatique Clinique (BIC), incluse dans le Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique de l’Institut Curie. La personne retenue travaillera sur les différentes thématiques liées à l’activité de la BIC (pipelines, algorithmes en lien avec le service de génétique, la pathologie numérique, l’immunologie clinique, la pharmacologie, etc.) de l’Institut Curie.

Principales activités :

Réécriture / optimisation de pipelines d’analyses avec mise en place de conteneurs et de tests unitaires, jeux de validation

Développement d’outils spécifiques au diagnostic clinique avec recherche bibliographique, évaluation d’outils publiés, mise en place d’approches originales

Participation à l’analyse de projets de recherche associés à des essais cliniques

Présentation régulière des avancées aux différents collaborateurs notamment l’IC

Contribution à différentes publications associées aux données analysées / aux nouvelles approches mises en place

Compétences requises :

Maîtriser l’environnement linux

Maîtriser au moins l’un des langages de programmation suivants (idéalement avoir de l’expérience sur plusieurs d’entre eux) : python, java ou autre langage orienté objet

Maîtriser le langage de programmation R

Bonnes connaissances des outils standards de bioinformatique pour l’analyse et l’interprétation des données de séquençage haut-débit (DNA, RNA, méthylation)

Bonne connaissance des méthodes statistiques (machine learning / deep learning, outils supervisés et non supervisés)

Avoir un attrait pour les interactions avec les biologistes

Rigueur, dynamisme, capacité à travailler en autonomie

Excellent esprit d’équipe

Compétences souhaitées :

Bonnes connaissances en algorithmique

Versionnage du code avec GIT

Maîtrise de l’anglais technique et scientifique à l’oral et à l’écrit

Des compétences dans l’un ou plusieurs domaines suivants seraient un gros plus : utilisation de cluster de calcul (SGE / SLURM / LSF / MOAB, etc.), expérience en calcul distribué, utilisation de GPU, expérience en machine learning / deep learning, utilisation de gestionnaire de workflow type Nextflow / snakemake, classification supervisée et non supervisée, réduction de dimensions, conteneurisation (singularity / docker)

Des connaissances en oncologie sont un plus

Diplômes / qualifications requis(es) :

Etre titulaire d’un Doctorat ou d’un Diplôme d’Ingénieur en Bioinformatique

Une première expérience en analyses de données NGS est souhaitée

Pour candidater, 2 possibilités :

envoyer un CV + lettre de motivation à bioinfo-clinique.recrut [AT]curie.fr

Uploader une candidature vidéo (maximum 10 min) via https://xfer.curie.fr/anon/list?lang=fr et envoyer le lien de la vidéo à bioinfo-clinique.recrut [AT]curie.fr