Mots-Clés
métagénomique
metatranscriptomique
micro-organisme
Description
La compagnie :
Abolis Biotechnologies est une société française qui développe des innovations à fort impact dans le domaine des biotechnologies. Elle soutient les industries dans leur transition vers un modèle de production plus durable.
Nous proposons des solutions industrielles sur mesure basées sur des micro-organismes. Fondée en 2014, Abolis est composé d’une équipe de plus de 50 personnes, déterminée à devenir un acteur clé de la transition écologique en combinant expertises en biologie, fermentation, robotique, informatique, analytique et propriété industrielle pour réinventer le futur de nombreuses industries.
Notre Business unit Microbiome Studio a pour mission de développer une solution pour comprendre le fonctionnement des voies métaboliques des micro-organismes afin d’utiliser leur potentiel immense pour concevoir des solutions plus naturelles et durables. La solution proposée s’applique à de nombreux domaines comme la nutrition, la santé, la cosmétique et l’agriculture. Nous travaillons déjà avec deux grands industriels de l’agro-alimentaire avec qui nous co-développons la première version de notre logiciel.
Vous souhaitez mettre vos compétences au service d’un projet qui a un réel sens ? Alors, ne cherchez plus !
Le poste:
Au sein de la Business Unit Microbiome Studio, vous travaillerez en étroite collaboration avec l’ingénieur en bioinformatique déjà présent au sein de l’équipe, au contact de clients et serait rattaché directement au General Manager de cette business unit. Vous intégrerez une équipe pluri-disciplinaire dynamique et joviale avec des compétences en bioinformatique, statistique/ data science, développement back-end & front-end, infrastructure/ Dev-ops, le tout dans un contexte lié à la biologie. L’équipe travaille en mode agile animé par un Product manager.
Vos missions principales :
Une première version fonctionnelle de la solution étant déjà opérationnelle, vous serez amené(e) à travailler à la fois sur l’amélioration / développement de nouvelles fonctionnalités (build) et sur des projets clients (run):
- Comprendre les besoins clients de concert avec le chef de projet pour proposer, définir et réaliser un plan d’analyses biologiques pertinent et innovant,
- Participer au maintien, à l’amélioration et à l’adaptation des pipelines bioinformatiques aux nouvelles données (génomiques, transcriptomiques, métaboliques), problématiques ou secteurs industriels rencontrés,
- Participer à l’évolution de l’architecture technique de la solution en garantissant la sécurité des données clients et la robustesse de l’ingénierie logicielle.
Vos autres missions :
- Assurer une veille technologique dans votre domaine d’expertise,
- Rédiger certaines parties des rapports d’analyse pour nos clients,
- Partager votre expertise en bio-informatique au sein de l’équipe et avec les clients, apporter du challenge constructif,
- Soutenir les bonnes pratiques de développement logiciel : revues de code, tests unitaires, intégration continue (CI), déploiement continu (CD)…
- Participer à la vie de l’équipe en mode agile (daily, planning, revue, rétro…),
- Participer à la rédaction d’une documentation technique et utilisateurs.
Profil recherché:
De formation supérieure (minimum Bac +5 en école d’ingénieur ou équivalent universitaire) en biologie avec spécialisation en bioinformatique ou en bio-informatique, vous justifiez de 3 à 4 ans d’expérience sur un poste équivalent.
Vous avez de solides connaissances en biologie et en analyse de données et un réel esprit tourné vers la résolution de problématiques.
Vous avez une expérience en intégration de données, sous différents formats et venant de différentes bases. La connaissance des bases de données UniProt, MetaCyc, CheBi et Rhea serait un réel plus.
Vous avez une expérience en traitement de données étagénomiques/metatranscriptomiques.
Vous êtes à l’aise et rigoureux en programmation et chaînages applicatifs.
Vous connaissez les bonnes pratiques de l’ingénierie logicielle.
Vous maîtrisez les technologies suivantes :
- Outils de bio-informatiqu dédiés à la métagénomique/ métatranscriptomique : SPAdes, kraken2, Salmon, eggnog-mapper
- Langages: python, Bash (environnement Unix), snakemake, R, sparql
- Cluster de calcul haute performance (slurm)
- Git (ou autre gestionnaire de versions).
Vous êtes :
- Autonome, rigoureux(se), curieux(se) et aimez travailler en équipe,
- Passionné(e) par les biotechnologies,
- Sensible à la qualité et la lisibilité de vos résultats pour un non bioinformaticien,
- Sensible à la qualité et la lisibilité de votre code par un pair ou par un autre profil de l’équipe technique,
- Stimulé(e) par l’idée de participer à la création d’un produit innovant à la croisée de différents domaines de pointe (multi-omique, intégration et visualisation de données diverses, intelligence artificielle).
- La maîtrise de l’anglais professionnel sera un vrai plus.
Nous pratiquons le télétravail (pas à 100%, sauf en fonction de la situation à caractère exceptionnel)