Revenir à la liste des offres d'emplois Stage M2 - Revue des outils et workflows “Galaxy Ecology” de calcul d’indicateurs de Biodiver-sité p Stage · Stage M2 · 6 mois Bac+5 / Master Station marine de Concarneau BP 225, 29182 Concarneau CEDEX --- MNHN UAR 2047 Données de recherche · Concarneau (France) Date de prise de poste : 5 janvier 2027 Mots-Clés Galaxy Ecology Biodiversity Workflow Indicateurs de Biodiversité Description Descriptif de stage Dans le cadre de ces travaux de pilote d’opérationalisation des “variables essentielles de Biodiversité” pour l’initiative internationale GEO BON, le pôle biodiversité (PNDB) de l’infrastructure de recherche Data Terra pilote l’initiative “Galaxy Ecology” depuis 2018 et y développe des outils et workflows dédiées à la récupération de données environnementales, à leur visualisation et à leur traitement dans le but de produire des indicateurs de biodiversité. Dans ce cadre, de nombreux outils et workflows Galaxy ont été développés ces dernières années. Différents travaux ont été réalisés ces dernières années notamment à travers la thèse de Coline Royaux et le stage de Molène Mahé afin de faire le point sur ces développements, les améliorer, tester leur degré de généralisation et ajouter des métadonnées. Récemment a été créé côté Ga-laxy, une nouvelle initiative nommée IWC (Intergalactic Workflow Comission) qui a pour but de mettre en avant des workflows revues, validés par la communauté. L’objectif du stage proposé est donc de reprendre l’ensemble des développements afin de publier des workflows “Galaxy Ecology” sur le catalogue IWC. Objectifs • Objectif primaire : Revue des workflows Galaxy Ecology et outils les composants et publication des workflows dans IWC • Objectif secondaire : Création / amélioration de nouveaux workflows Tâches proposées : Primaires Test, exécution des workflos existants Revue, amélioration des métadonnées des workflows Test de ré utilisation des workflows existants dans d’autres contextes taxo-nomiques et/ou géographiques Création de nouveaux workflows à partir d’outils existants Annexes (selon pertinence / souhait de coder) Création de nouveaux workflows à partir de nouveaux outils à créer Création des dépendances nécessaires au fonctionnement des outils en utilisant le gestionnaire de paquet conda Création d’outils Galaxy ayant vocation à rejoindre les instances “Ga-laxy Ecology” Europe et France via l’utilisation du SDK Planemo ou le plugin VS code dédiés Candidature Procédure : Envoyer un mail Date limite : 18 décembre 2026 Contacts Yvan Le Bras yvNOSPAMan.le-bras@mnhn.fr Offre publiée le 23 septembre 2026, affichage jusqu'au 18 décembre 2026