Revenir à la liste des offres d'emplois Stage M1 - Création d’outils Galaxy de calcul d’indicateurs de Biodiversité depuis Bon in a Box Stage · Stage M1 · 2 mois Bac+4 PNDB infrastructure Data Terra - Station marine de Concarneau - MNHN UAR 2047 Données de recherche · Concarneau (France) 0 Date de prise de poste : 1 mars 2027 Mots-Clés Galaxy Ecology Calcul indicateurs biodiversité Description Descriptif de stage Dans le cadre des travaux du pilote d’opérationalisation des va-riables essentielles de Biodiversité porté par le pôle biodiversité (PNDB) de l’infrastructure de recherche Data Terra pour l’initiative internationale GEO BON, une librairie Python biab2galaxy (dépôt GitHub , dépôt Pypi ) a été créé par un étudiant de M2 Bioinformatique en 2026. Il est proposé un stage court afin de tester la librairie et de créer des outils Galaxy à partir des ébauches d’outils générés . Ces ébauches d’outils proviennent de l’initiative BON in a Box Pipeline Engine et plus particulièrement des pipelines BON in a box. Objectifs • Objectif primaire : Créer des outils Galaxy à partir d’ébauches d’outils générés automatiquement • Objectif secondaire : Avoir une évaluation fonctionnelle de la librairie biab2galaxy Tâches proposées : • Création des dépendances nécessaires au fonctionnement des outils en utilisant le gestionnaire de paquet conda • Création d’outils Galaxy ayant vocation à rejoindre les instances “Galaxy Ecology” Europe et France via l’utilisation du SDK Planemo ou le plugin VS code dédiés • Tâche annexe : Evaluer la librairie biab2galaxy et le cas échéant proposer des améliorations de cette librairie. Candidature Procédure : Envoyer un mail Date limite : 18 décembre 2026 Contacts Yvan Le Bras yvNOSPAMan.le-bras@mnhn.fr Offre publiée le 23 septembre 2026, affichage jusqu'au 18 décembre 2026