Mots-Clés
data management
bioinformatique
ngs
cancer
Description
Description du poste :
Gustave Roussy (4000 employés), premier centre européen de lutte contre le cancer et 3ème mondial, cherche à recruter un(e) Bio-informaticien(ne) / Data Manager pour participer au développement de la médecine de précision, oncologie computationnelle, et des projets relatifs aux cancers du poumon (PREVALUNG), à la résistance aux immunothérapies (IMMUNOLIFE), aux liens entre microbiome et cancer (ONCOBIOME).
Les principales missions seront les suivantes :
• Collecter et labelliser les données omiques afin de les verser dans des entrepôts de données
• Alimenter des bases de données et portails de données (cliniques et omiques)
• Développer des applications middleware pour connecter ces bases et portails de données
• Coordonner l’échange et la traçabilité des données omiques
• Produire des rapports et métriques sur la qualité des données et métadonnées collectées
Connaissances et compétences professionnelles :
• Programmation : Shell, au moins un langage de programmation parmi Python ou Java, notion de programmation web (Html/JavaScript) et de web service REST, base de données SQL, gestion de code source Git, conteneurisation Docker/Singularity
• Connaissances générales scientifiques
Expertise et compétences interpersonnelles :
• Adaptabilité
• Capacité à interagir et à travailler en équipe (y compris en anglais)
• Rigueur, méthode et dynamisme
Qualifications :
Bac+5/Master (bio-informatique/informatique) avec de l’expérience en gestion et traitement des données et une appétence pour le développement informatique/bio-informatique.
Relation hiérarchiques et fonctionnelles principales :
Le ou la candidat(e) sera sous la responsabilité hiérarchique de Marc DELOGER, PhD, au sein de l’équipe structuration des données (DRE058) du pôle data de la direction de la recherche et sous l’encadrement technique de Gérôme JULES CLEMENT, data manager et développeur.
Il/elle sera également intégrée à l’équipe immunologie des tumeurs et immunothérapies de l’UMR1367 (MIMOSA = MIcrobiota and MucOsae for cancer immunoSurveillAnce) du Pr Laurence ZITVOGEL (PU-PH) et sous l’encadrement du Dr Lisa Derosa, oncologue médicale (MCU-PH).
Il/elle sera amené(e) à interagir avec les médecins, biologistes, et chercheurs impliqués dans les projets.
Type de contrat :
CDI de chantier, d’une durée initiale de 3 ans, à pourvoir à partir du 4 janvier 2027. Le poste de travail sera sur le site de Villejuif (94).
Avantages :
• Passe Navigo annuel pris en charge à 75%
• Restauration collective, 2 cafeteria et “food truck”
• Comité d’entreprise : tickets cinéma à 5€, chèques vacances, participation financière à des locations saisonnières/séjours etc…
• Ligne de métro 14 au pied de l’hôpital et arrivée du métro 15 prévue automne 2027