Mots-Clés
metabolomique
API
Galaxy
graphe de connaissances
Description
🚀 [RECRUTEMENT] Bioinformatics Software Developer
👉 MetaboHUB – PFEM (Clermont-Ferrand) recrute un·e Ingénieur·e Bioinformatique / Software Developer en CDD de 12 mois, à partir du 1er janvier 2027.
🔬 Votre mission
Au sein de l’infrastructure nationale MetaboHUB, vous contribuerez au développement d’un outil réutilisable permettant d’intégrer, interroger et contextualiser les données issues des études de métabolomique.
Le projet s’appuie notamment sur les knowledge graphs FORVM pour connecter les données métabolomiques aux données phénotypiques, concepts biologiques, associations molécule–maladie–phénotype et publications scientifiques.
🤝 Vous travaillerez au sein de la PFEM, plateforme de métabolomique reconnue aux niveaux national et international, en collaboration avec des bioinformaticiens, ingénieurs informatiques et experts en métabolomique.
💻 Au programme :
• Développement de microservices et d’API REST en Python
• Intégration de ressources issues de knowledge graphs (FORVM)
• Développement de tests automatisés et de pipelines CI/CD
• Développement d’un wrapper Galaxy
• Intégration et documentation du logiciel
• Participation aux revues de code et au développement Git
• Contribution à la reproductibilité et au déploiement de l’outil au sein de MetaboHUB
🎓 Profil recherché
Formation de niveau Master en informatique, bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine proche, avec une première expérience en développement Python, conception d’API ou automatisation logicielle.
📍 Lieu : Saint-Genès-Champanelle (63), France
✈️ Déplacements possibles à Rennes et Toulouse
📅 Prise de poste : 1er janvier 2027
📄 Contrat : CDD – Ingénieur, 12 mois
💰 Salaire brut mensuel : 2 245 à 2 815 € selon expérience