Mots-Clés
symbiose
métagénomique
microbiome
phylogénétique
Description
Les interactions symbiotiques, qui vont du mutualisme au parasitisme, jouent un rôle majeur pour l’écologie et l’évolution des organismes marins. Quelques associations symbiotiques, comme chez les vers polychètes ou les coraux, ont été étudiées de façon extensive. Cependant, cela ne représente cependant qu’une faible proportion de la diversité des interactions symbiotiques dans le milieu marin, et une grande partie des micro-organismes impliqués dans ces interactions est encore inconnue ou mal décrite.
Le projet ATLASea (https://www.atlasea.fr) vise à séquencer et obtenir des génomes à l’échelle chromosomique pour 4500 espèces eucaryotes marines retrouvées sur les côtes françaises et appartenant à des groupes taxonomiques très variés (poissons, algues, éponges, crustacés ou mollusques par exemple). Ces données sont une superbe opportunité pour découvrir les symbiotes procaryotes et eucaryotes, séquencés en même temps que leur hôte, de ces espèces marines, et d’obtenir des génomes de qualité pour ces symbiotes. Il s’agit notamment de la seule façon de séquencer les micro-organismes qui ne peuvent pas être cultivés, comme les endosymbiotes et les parasites obligatoires.
L’objectif du stage sera dans un premier temps d’effectuer le placement phylogénétique des symbiotes procaryotes et eucaryotes des espèces séquencées par le projet ATLASea, pour lesquelles les génomes de leur microbiome (sous forme de metagenome-assembled genomes, ou MAGs) ont déjà été assemblés en amont. Cette étape permettra de déterminer les taxons de microorganismes associés à différentes espèces d’hôtes, et potentiellement d’identifier des clades inconnus à ce jour. Dans un second temps, la ou le stagiaire comparera les cortèges de symbiotes au sein de groupes pertinents d’hôtes (entre éponges de mer, par exemple), afin d’identifier les symbiotes spécifiques d’un groupe donné ou ceux généralistes présents dans une large variété d’espèces. Les travaux de ce stage seront les bases pour de futures études de génomiques comparatives cherchant à élucider les mécanismes des interactions symbiotiques chez les mollusques.
L’équipe d’accueil est le Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité (LBGB; https://www.genoscope.cns.fr/lbgb/) à l’UMR 8030 Génomique Métabolique / Genoscope à Evry, qui regroupe des compétences en assemblage et annotation de génomes et en génomique comparative. La ou le stagiaire s’appuiera sur des outils déjà mis en place ou en développement au sein de l’équipe.
Compétences souhaitées: analyses de métagénomique, phylogénétique, solides bases en bioinformatique, flexibilité