Mots-Clés

web sémantique calcul distribué métabolisme modélisation

Description

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 270 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et en écologie-environnement. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l’unité Toxalim, et plus spécifiquement le plateau MetExplore, composante de la plateforme régionale Metatoul et nationale MetaboHUB. Ce plateau se consacre au développement de nouvelles solutions bioinformatiques permettant d’analyser et de modéliser le métabolisme à l’échelle d’un organisme sous la forme d’un réseau métabolique (ensemble des réactions biochimiques d’un organisme). Aujourd’hui, de nombreux projets de recherche visent à caractériser les interactions métaboliques (coopération, compétition) au sein d’écosystèmes microbiens (microbiote humain, microbiote végétal, etc.) ou entre différents types cellulaires d’organismes complexes. Cependant, les outils existants ne permettent pas d’interroger et modéliser simultanément plusieurs milliers de réseaux métaboliques, chacun pouvant contenir plusieurs milliers de réactions et de métabolites. Pour répondre à cette limite, MetaboHub a déployé une architecture « Big Data » (datalake), indispensable pour ce passage à l’échelle.

Votre mission

Vous serez chargé·e de concevoir et de déployer les outils d’analyse et de modélisation nécessaires à l’interrogation d’une base de connaissances regroupant plusieurs milliers de réseaux métaboliques.

Responsabilités principales

1. Développer des outils générant des graphes de connaissances spécifiques à partir d’une collection de réseaux métaboliques.
2. Concevoir des solutions permettant d’interroger efficacement ces bases de connaissances.
3. Mettre en place une API afin de rendre ces outils accessibles depuis l’extérieur.
4. Collaborer étroitement avec les biologistes et bio-informaticien.nes de l’unité et de l’infrastructure pour adapter les outils aux questions scientifiques ciblées.

Conditions particulières d’activité

Le laboratoire d’accueil est classé en Zone à Régime Restrictif (ZRR). Le recrutement est donc soumis à une autorisation préalable d’accès, conformément à la réglementation en vigueur relative à la protection du potentiel scientifique et technique de la Nation.

Formation et compétences recherchées

Formation recommandée : Diplôme de master 2 en informatique spécialisé en systèmes d’information, data science et/ou calcul intensif ou bioinformatique

Connaissances souhaitées :
● Web sémantique (RDF, SPARQL)
● Apache Spark (idéalement GraphFrames)
● Langages de programmation : Scala de préférence, Java sinon
● Optionnel : théorie des graphes
● Optionnel : connaissances en biochimie et métabolisme
● Bon niveau d’anglais

Expérience appréciée : Projet académique ou stage utilisant les technologies du web sémantique

Aptitudes recherchées : Rigueur, autonomie, curiosité, goût pour le travail en équipe et les interactions multidisciplinaires, capacité à proposer des solutions innovantes et à interagir avec différents interlocuteurs, sens de la reproductibilité (documentation, versionnage, partage de données).