Mots-Clés
Bioinformatique
Génomique
Assemblage de génomes
Pipeline
Python
Données de séquençage
Description
Contexte
Premier Tech Life Sciences (PTLS) développe des ingrédients actifs biologiques — microorganismes et/ou biomolécules — à haute valeur ajoutée, destinés notamment à des applications en nutrition et santé animale et humaine. Dans ce contexte, vous contribuerez à la caractérisation et à la valorisation d’actifs biologiques en développant notamment un pipeline bioinformatique permettant de traiter des données de séquençage, d’assembler et d’annoter les génomes d’organismes très variés, principalement bactéries, levures et champignons. En complément de ce projet principal, vous serez amené(e) à contribuer à différents projets R&D mobilisant la bioinformatique, notamment en analyse de données et en modélisation.
Missions
Sous l’encadrement de l’équipe R&D, le/la stagiaire aura pour principales missions :
• Réaliser une étude bibliographique et comparative des méthodes et outils d’assemblage, de contrôle qualité et d’annotation génomique ;
• Sélectionner et évaluer les outils les plus adaptés aux différents types d’organismes et de données de séquençage ;
• Développer, automatiser et valider un pipeline bioinformatique avec les outils adaptés permettant le contrôle qualité des données, l’assemblage et l’annotation des génomes ;
• Appliquer ce pipeline à des organismes variés, principalement des bactéries, levures et champignons ;
• Contribuer à des missions complémentaires de bioinformatique : traitement, analyse et visualisation de données expérimentales, simulations métaboliques et autres approches de modélisation ;
• Assurer la documentation, la reproductibilité et la traçabilité des développements et analyses réalisés ;
• Présenter et synthétiser les résultats à l’oral et à l’écrit.
Profil recherché
• Étudiant(e) en dernière année de Master 2 ou école d’ingénieur, spécialisé(e) en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine équivalent ;
• Bonnes connaissances en génomique et analyse de données de séquençage ;
• Maîtrise d’un langage de programmation, idéalement Python, et aisance dans un environnement Linux / ligne de commande ;
• La connaissance d’outils de gestion de workflows, de Git, de Conda et/ou Docker serait appréciée ;
• Un intérêt pour la modélisation métabolique et les bioprocédés constituera un plus ;
• Capacité à travailler de manière autonome, rigoureuse et structurée, tout en interagissant avec une équipe pluridisciplinaire ;
Lieu de stage
Vous serez localisé dans les bureaux et laboratoire de Premier Tech Life Sciences situés au sein de TWB (Toulouse White Biotechnology), infrastructure d’excellence internationale dédiée aux biotechnologies industrielles, au cœur de Toulouse.
Période et durée du stage
4 à 6 mois à partir de janvier 2027
Rémunération
Gratification : selon les modalités légales
Vous souhaitez mettre vos compétences en bioinformatique au service d’un projet innovant et ambitieux, au sein d’un groupe de renommée internationale ? Postulez dès maintenant en envoyant CV et lettre de motivation à l’attention de Monsieur Raphaël Forquet (forr4@premiertech.com). Nous attendons votre candidature avec impatience !