Mots-Clés
métabarcoding
benchmark
Description
Contexte
Le métabarcoding est un protocole de séquençage largement utilisé pour caractériser les écosystèmes microbiens. L’analyse des séquences tend à se standardiser bien que de très nombreux outils existent (Hakimzadeh et al 2024). La suite logiciel FROGS développée à INRAE inclus deux de ces outils : swarm un algorithme de clustering, et dada2 un algorithme de nettoyage de séquences.
Ces deux outils présentent chacun leurs propres avantages et inconvénients (ressources informatique, précision dans le niveau de discrimination), et s’intègrent dans le processus complet d’analyse de manière différente (traitement par échantillon ou globalement).
Hakimzadeh, A. et.al. (2024). A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses. Molecular Ecology Resources, 24, e13847. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13847
Missions
Le stagiaire aura pour mission d’approfondir les comparaisons déjà réalisées par le groupe de travail FROGS entre ces deux outils (Bernard et.al. 2021).
En particulier, il explorera l’influence du traitement des échantillons séquentiellement ou globalement, ou encore l’influence de l’ordre des échantillons.
Il devra :
- S’approprier les principes de fonctionnement des deux outils et leurs limites.
- Mettre en place des mesures pertinentes de comparaison des résultats.
- Définir et appliquer différentes procédures d’analyse et les comparer.
- En fonction des résultats, mettre à jour les procédures proposées dans la suite logiciel FROGS.
Bernard, M. et.al. (2021). FROGS: a powerful tool to analyse the diversity of fungi with special management of internal transcribed spacers, Briefings in Bioinformatics, Volume 22, Issue 6, November 2021, bbab318, https://doi.org/10.1093/bib/bbab318
Profil recherché
• Etudiant(e) de 4e anneé en bioinformatique, ou ayant une spécialité en bioinformatique
• Connaissance de l’environnement linux, du scripting bash, python et/ou R
• Fort intérêt pour les domaines pluridisciplinaires.
• Curiosité, rigueur et autonomie dans l’évaluation technique et des impacts sur l’interprétation des résultats.
Candidature
Envoyez votre CV et quelques lignes expliquant votre intérêt pour ce stage à maria.bernard@inrae.fr ingénieur en bioinformatique de l’équipe SIGENAE (unité GABI) membre du groupe de développeurs de FROGS.