Mots-Clés
annotation fonctionnelle
génomique
BEAURIS
voies métaboliques
python
ci/cd
Description
ATLASea (https://www.atlasea.fr/) est un programme focalisé sur la génomique de la biodiversité marine le long des côtes françaises. Piloté par le CNRS et le CEA, il inclut de nombreuses institutions partenaires en France et s’intègre dans un large contexte international. ATLASea va séquencer les génomes de 4500 espèces le long du littoral français (ultra-marin et hexagonal), élargissant de manière exceptionnelle le catalogue de génomes d’algues produit dans le projet Phaexplorer [1]. Le séquençage, l’assemblage, la gestion et l’analyse des génomes sont mis en oeuvre par différents partenaires du projet. Ces données fournissent une opportunité pour explorer la diversité fonctionnelle marine. Pour aller dans cette direction, il est nécessaire de produire de manière homogène des vues fonctionnelles variées à partir des génomes, en garantissant un passage à l’échelle : fonction et interaction des protéines prédites, voies métaboliques, caractérisation de capacités biosynthétiques… Pour aller dans cette direction, le stage vise à développer une infrastructure robuste pour produire et visualiser ces vues fonctionnelles, qui sont chacunes générées par des méthodes particulièrement hétérogènes.
En tant que partenaire du projet, la plate-forme GenOuest propose un sujet de stage (niveau M2) centré sur l’étude fonctionnelle des données génomiques produites : fonction et interaction des protéines prédites, analyse de voies métaboliques, jusqu’à la caractérisation de capacités biosynthétiques.
Le stage portera ainsi précisément sur :
– La conception de workflows FAIR [2] d’annotation fonctionnelle spécialisée
– L’automatisation du traitement des données en contribuant au logiciel BEAURIS (https://beauris.readthedocs.io) [3]
– La conception d’un modèle de données pour stocker, représenter et exposer les annotations fonctionnelles dans le système d’information BYTE-Sea (base de données, site web, entrepôt type RDF/SPARQL, …)
Technologies mises en œuvre : Python, Bash, Galaxy [4], GitLab avec CI/CD, yml/json, Base de données (SQL/Mongo)
- https://phaeoexplorer.sb-roscoff.fr
- https://fr.wikipedia.org/wiki/Fair_data
- https://hal.science/hal-05674167v1
- https://galaxyproject.org/