Mots-Clés
genomique
beauris
ci/cd
python
Description
ATLASea (https://www.atlasea.fr/) est un programme focalisé sur la génomique de la biodiversité marine le long des côtes françaises. Piloté par le CNRS et le CEA, il inclut de nombreuses institutions partenaires en France et s’intègre dans un large contexte international. ATLASea va séquencer les génomes de 4500 espèces le long du littoral français (ultra-marin et hexagonal). Le programme s’étendant sur 8 ans, va échantillonner la biodiversité marine sous la coordination du MNHN à travers des expéditions et avec l’aide des stations marines. Le séquençage et l’assemblage des génomes sont réalisés au Genoscope sous la coordination de France Génomique, et les données sont gérées et analysées sous la coordination de l’Institut Français de BioInformatique (dans le cadre du projet BYTE-SEA).
En tant que partenaire du projet, la plate-forme GenOuest propose un sujet de stage (niveau M2) centré sur BEAURIS (https://beauris.readthedocs.io) [1], le système de déploiement automatisé de portails génomiques.
Le stage portera plus précisément sur :
– L’optimisation des composants existant pour le passage à l’échelle sur 4500 génomes
– L’intégration et la modernisation de modules (e.g. Apollo [2], Blast, …)
– L’ajout de fonctionnalités d’interopérabilité (standards de métadonnées FAIR [3], intégration avec Galaxy [4])
Technologies mises en œuvre : Python, Bash, Docker, GitLab avec CI/CD, yml/json, développement web, Galaxy
- https://hal.science/hal-05674167v1
- https://github.com/GMOD/Apollo3
- https://fr.wikipedia.org/wiki/Fair_data
- https://galaxyproject.org/