Mots-Clés

Transcriptomique RNA-seq Expression différentielle Immunologie des poissons Lactococcus petauri Résistance aux maladies Analyse de données omiques Truite Lactococcose

Description

Structure d’accueil

L’ANSES (agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail) assure des missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal, et la santé végétale. Au sein du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (site de Ploufragan) de l’ANSES, les unités VIRPIG (Virologie porcine, innovation et génomique) et VIMEP (Virologie, immunologie et écotoxicologie des poissons) conduisent des activités de référence, d’expertise scientifique et technique et de recherche sur les maladies virales, respectivement du porc (VIRPIG) et du poisson (VIMEP). De plus, l’unité VIRPIG, qui accueillera l’étudiant·e, développe également des activités de recherche en bioinformatique appliquée.

Projet

Objectifs

Ce projet collaboratif vise à étudier les déterminants moléculaires de la résistance aux maladies chez la truite. Ce stage propose notamment de mettre en œuvre des analyses de transcriptomique afin de caractériser les mécanismes biologiques associés à la réponse de l’hôte face à une infection bactérienne causée par Lactococcus petauri.

Contexte

Les maladies infectieuses, telle que la lactococcose, constituent un enjeu majeur pour les élevages piscicoles. La compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans la réponse immunitaire des poissons représente donc un levier important pour améliorer la prévention et la gestion des infections. Ce stage s’appuie sur un jeu de données de transcriptomique (RNA-seq) comprenant plusieurs centaines d’échantillons de truites infectées par Lactococcus petauri. En fonction de l’avancement du projet, le stage pourra également inclure l’analyse d’un second jeu de données (déjà produit) portant sur les effets du fluorure de sodium (NaF) chez des truites exposées à différentes concentrations de ce composé puis infectées par le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (vNHI), afin d’étudier les interactions entre exposition environnementale et réponse immunitaire.

Vos missions

Le travail consistera à réaliser une analyse complète des données de transcriptomique (e.g. contrôle qualité, analyse d’expression différentielle) afin d’identifier les gènes et les fonctions biologiques associés aux mécanismes potentiels de résistance à l’infection par Lactococcus petauri. Selon l’avancement du projet, des analyses complémentaires pourront être mises en œuvre afin d’identifier des groupes de gènes présentant des profils d’expression similaires. Une attention particulière sera portée à l’interprétation biologique des résultats afin de mettre en évidence les processus moléculaires impliqués dans la réponse immunitaire de la truite.

Ce projet offre une formation en bioinformatique appliquée à la transcriptomique, combinant analyses statistiques, modélisation biologique et interprétation fonctionnelle de données RNA-seq.

Conditions particulières

Travail en laboratoire confiné.

Profil

Vous préparez un master 2 en bioinformatique, en biologie computationnelle ou en analyse de données.

Compétences
- Compétences scientifiques et/ ou techniques en bioinformatique
- Maîtrise des environnements Linux (Bash)
- Maitrise de langages de programmation (python, R)
- Connaissances des techniques de séquençage NGS et de transcriptomiques appréciées
- Connaissances des outils de programmation appréciées (Snakemake, Conda/Mamba, Git)
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe
- Capacités rédactionnelles avérées et aptitudes à la communication orale
- Capacité d’analyse et de synthèse
- Maîtrise de l’anglais scientifique (a minima pour la lecture d’articles)
- Sens de l’organisation, rigueur