Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

microbiome données sensibles standards de métadonnées entrepôts

Description

Présentation d’INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche.  C’est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’INRA et IRSTEA, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 
L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités
Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Cloud4sams du PEPR SAMS qui vise à proposer une Preuve de Concept pour une infrastructure numérique distribuée et sécurisée permettant aux scientifiques d’exploiter des données de microbiomes et de santé.
Au sein de ce projet, nous souhaitons proposer une solution pilote pour la gestion des données et métadonnées de microbiomes d’origine Humaine depuis leur production jusqu’à leur publication au sein d’entrepôts publics sécurisés dédiés (ex : FEGA).
Dans ce contexte, vous serez chargé de travailler avec les membres du projet Cloud4sams pour proposer une solution logicielle permettant

1. La gestion des métadonnées en respectant les standards internationaux du domaine et les contraintes juridiques, sécuritaires et réglementaires liées au caractère potentiellement identifiant des informations
2. En collaboration avec les partenaires du projet, la définition et la mise en œuvre de critères pour évaluer la qualité des données et métadonnées issues de microbiomes humains
3. Le développement d’une première brique logicielle dédiée à la collecte, la validation et au dépôt automatisé des données dans des entrepôts publics sécurisés. Ce travail s’appuiera sur le développement récent de l’outil madbot (lien) qui permet la mise en place de connecteurs dédiés à des entrepôts et s’effectuera en partenariat avec l’équipe de développement en charge du pilotage du projet.
4. La rédaction d’un guideline de gestion et soumission des données et métadonnées du microbiote humain et la contribution à l’élaboration d’un support de formation.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 en informatique, ou licence en informatique avec une expérience avérée en développement logiciel.

Connaissances souhaitées :

• Maitrise de la programmation
• Méthodologie de gestion de projets informatiques
• Connaissances méthodologie DevOps :gestion de code source, intégration et déploiement continu
• Maîtrise du français, de l’anglais (C1)

Expérience appréciée :

• Développement logiciel
• Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique

Aptitudes recherchées :

• Capacité à travailler en équipe, y compris à distance
• Sens de l’écoute, bon relationnel
• Bonne gestion de son temps
• Rigueur

Modalités d’accueil

• Unité de rattachement (lieu d’exercice) : UR1404 MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées, du Génome à l’Environnement), Centre INRAE, Domaine de Vilvert, bât 233, 78350 Jouy-en-Josas
• Département de rattachement : Microbiologie et Chaine Alimentaire (MICA)
• Unité de pilotage fonctionnel : UR1404 MaIAGE
• Type de contrat : Contrat à Durée Déterminée
• Date d’entrée en fonction : à partir du 1er janvier 2027
• Durée du recrutement : 1 an
• Rémunération : à partir de 2299 € brut mensuel (négociable selon expérience)
• Catégorie : A
• Corps : IE