Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

ADN environmental Metabarcoding SNP calling NGS

Description

(Ingénieur(e) d’études ou de recherche selon le niveau)

Environnement de travail

Les pressions anthropiques et le changement climatique ont des répercussions profondes et croissantes sur les écosystèmes marins, rendant indispensable une surveillance continue de la biodiversité et de l’état écologique de ces milieux. Une surveillance efficace requiert de nouveaux indicateurs, en particulier pour les poissons et les crustacés, qui sont au cœur de ces évaluations en raison de leur rôle écologique et de leur vulnérabilité. Les techniques de suivi traditionnelles pour ces espèces — campagnes de pêche, observations par des plongeurs, caméras sousmarines appâtées ou prélèvements de tissus — sont souvent invasives, coûteuses et de portée limitée. Au cours de la dernière décennie, l’ADN environnemental (ADNe) s’est imposé comme une alternative non invasive particulièrement prometteuse. Les laboratoires CEFE et MARBEC collaborent pour développer de nouveaux indicateurs fondés sur l’ADN environnemental afin d’évaluer la biodiversité des organismes marins.

Missions

La personne recrutée viendra principalement en soutien de la chaire industrielle, mais également d’autres projets collaboratifs entre le CEFE et MARBEC visant à développer de nouveaux indicateurs à partir de l’ADNe (diversité génétique, abondance). Elle réalisera les analyses bioinformatiques des projets concernés et participera à la veille technologique, au fonctionnement du groupe et à la formation des étudiants. Elle pourra également être amenée à réaliser quelques expériences en laboratoire et/ou des analyses de données en génétique des populations.

Activités principales

• Traitement de données de séquençage issues de différentes technologies NGS (Illumina, Oxford Nanopore Technologies)
• Développement et application de pipelines d’analyse de métabarcoding
• Détection de variants (SNP calling)
• Assemblage de génomes et autres analyses de données de séquençage
• Design d’amorces et de sondes
• Encadrement d’étudiants
• Aide au stockage et à la gestion des données
• Veille bibliographique
• Appui à l’organisation des réunions de projet
• Aide aux commandes et à la rédaction de rapports
• Optionnel : travail en laboratoire (extraction et amplification d’ADN, etc.)
• Optionnel : analyses de génétique des population

Compétences attendue

• Programmation (Python, R, bash, C, etc.)
• Mise en œuvre de workflows sur cluster de calcul
• Bioinformatique (filtrage de données SNP, métabarcoding d’ADN environnemental, extraction de données, etc.)
• Maîtrise des outils d’analyse de données de séquençage à haut débit
• Bases en biologie moléculaire
• Connaissances en statistiques
• Connaissances en génétique des populations