Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

pangénome annotation motif

Description

Les graphes de variations pangénomiques permettent de modéliser l’ensemble des variations génomiques présentes dans une population d’intérêt. Ces graphes représentent une forme compactée d’alignement multiple de génomes complets, sont dirigés et potentiellement cycliques. Agrégeant l’intégralité de la diversité du groupe d’organismes considérés, ils permettent de s’affranchir fortement d’une séquence de référence unique.
Néanmoins, l’écosystème de ressources et d’approches autour de ces graphes demande encore à s’étoffer. Au sein de nos deux groupes DIADE/PANEEC et MIAT nous avons récemment produit GrAnnoT (Thèse de Doctorat de Nina Marthe), outil permettant d’annoter les graphes de pangénomes et de cumuler les annotations linéaires en un seul référentiel.
Si GrAnnoT permet également de transférer des annotations d’un génome à l’autre, et que nous avons des codes prototypes pour identifier les ‘features’ perdues sur les variations (start, stop, etc…), il est encore compliqué de pouvoir identifier sur ces graphes l’apparition de ces ‘features’ sur un génome non-annoté au préalable.
Un travail préalable sur la détection de motifs sur graphe de pangénome a été réalisé au sein de l’UMR MIAT par Linard et coll (https://forge.inrae.fr/benjamin.linard/mdvg). MDVG permet donc de rechercher des motifs et leur changements dans le graphe, mais sans plus de lien biologique. Or, un motif de type start respecte une distance avec une TATA box, un contexte, et donc la combinaison changement de motifs et/ou de structure des gènes apporte un signal renforcé pour la recherche de changements fonctionnels via un pangénome.
L’objectif de ce stage est donc de complémenter les approches GrAnnoT en incorporant MDVG dans nos pipelines, via un ajustement des approches pour les motifs liés aux gènes : start, stop, site accepteur ou donneur d’épissage, etc…

Ce travail s’effectuera dans l’équipe PANEEC de l’UMR DIADE (IRD, Montpellier), en partenariat avec l’UMR MIAT de Toulouse.

Contact : francois.sabot@ird.fr – matthias.zytnicki@ird.fr – benjamin.linard@inrae.fr