Mots-Clés
recombinaison
virus
bioinformatique
snakemake
mamba
recombinaison, virus, bioinformatique, snakemake, mamba, git, slurm
slurm
Description
Vos missions
Sous l’encadrement de votre maître de stage, vous serez amené à participer au développement des outils et workflows (snakemake) nécessaires à la caractérisation de recombinaisons dans des échantillons viraux à partir de données issues du séquençage haut débit.
Le stage comportera 3 étapes :
• L’état des lieux bibliographique
• Le développement, l’adaptation et l’évolution d’une solution existante
• L’application sur des données test et sur des données réelles
Vous créerez votre propre workflow ou adapterez/combinerez des solutions complètes existantes en vous appuyant sur l’état de l’art dans le domaine (recombinaison virale), en assurant le suivi du développement via git/gitlab, la gestion des environnements via mamba sur un cluster géré par slurm (environnements exploitables déjà en place). Cela impliquera des étapes d’alignements, de tri, de catégorisation permettant de préciser les reads identifiant des événements de recombinaison. Vous pourrez aussi vous appuyer sur des jeux de tests pour vous assurer de la cohérence et de la reproductibilité de vos résultats. Vous mettrez en place un outil de visualisation/de synthèse montrant la proportion et la position des reads prouvant l’événement de recombinaison. Ce sujet s’inscrit dans plusieurs projets de recherche impliquant des équipes aux modèles de virus variés (notamment les Nidovirales incluant coronavirus (IBV, PEDV) et arterivirus (SDRP)) desquels nous exploiterons les données de séquençage.
Votre équipe
Le poste est localisé au Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, site de Ploufragan (Saint-Brieuc), dans l’équipe Bioinformatique & Analyse de données de l’unité VIRPIG (Virologie Porcine, Innovation et Génomique).
Au sein du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (site de Ploufragan) de l’Anses, l’Unité Virologie Porcine, Innovation et Génomique (VIRPIG) conduit des activités de référence, d’expertise scientifique et technique et de recherche sur les maladies virales du porc. Les virus étudiés sont responsables de maladies à déclaration obligatoire, ou de maladies ayant un fort impact en santé animale et sur l’économie de la filière de production, ou de maladies aux conséquences peu documentées.
L’Unité VIRPIG est Laboratoire National de Référence (LNR) pour la Peste Porcine Classique, la Peste Porcine Africaine, la Maladie d’Aujeszky, l’Influenza Porcin et le Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin. Elle est Laboratoire de Référence de l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OMSA) pour la Maladie d’Aujeszky, et Laboratoire Expert de la DGAl pour la Diarrhée Epidémique Porcine. Elle est accréditée par le Cofrac pour ses activités de référence.
L’Unité VIRPIG mène également des travaux transversaux de développement de méthodes innovantes pour l’étude des agents pathogènes, ainsi que des travaux de recherche en bioinformatique appliquée. Elle héberge la « Plateforme nationale de Génomique : Séquençage Haut débit et Transcriptomique » (plateforme NGS) de l’Anses.
Profil recherché
Diplôme préparé
Vous préparez un master 2 en bioinformatique
Compétences (connaissances attendues, savoir-faire et savoir être)
• Compétences scientifiques et/ ou techniques en bioinformatique
• Maitrise de langages/outils de programmation (python, snakemake, R, mamba, git)
• Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe
• Capacités rédactionnelles avérées et aptitudes à la communication orale
• Capacité d’analyse et de synthèse
• Maîtrise de l’anglais scientifique (communication écrite et orale)
• Maîtrise des environnements unix/linux
• Des connaissances en biologie moléculaire seront appréciées
• Aptitude organisationnelle, rigoureux(se), autonome et dynamique. Le candidat doit avoir un sens développé du travail en équipe
Conditions particulières
Travail en laboratoire confiné.
Il existe une possibilité de logement à la Maison des Etudiants, à 200 mètres du laboratoire.
Pour postuler
- Date limite de réponse : 15/10/2026
- Renseignements sur la mission :
- Fabrice Touzain (fabrice.touzain@anses, 02 96 01 62 96) et
- Maud Contrant (maud.contrant@anses.fr, 02 96 01 62 14)
- Adresser la candidature par courriel accompagnée d’une lettre de motivation, d’un CV et des informations concernant la formation suivie.