Mots-Clés
métagénomique
génomique comparative
phylogénomique
carottes de glace
Description
Description
Etude métagénomique et phylogénomique d’une série temporelle issue de carotte de glace
Contexte scientifique
Les micro-organismes peuvent être transportés dans l’atmosphère, puis déposés et préservés dans des environnements extrêmes tels que les glaciers. Les carottes de glace constituent ainsi de véritables archives environnementales, permettant d’accéder à des informations biologiques associées à différentes périodes du passé. L’ADN préservé permet de détecter la présence de ces micro-organismes, d’étudier leur diversité et potentiellement de retracer leur évolution au cours du temps.
Ce stage s’inscrit dans un projet visant à exploiter une série temporelle d’échantillons de glace provenant des Alpes françaises. L’objectif sera notamment de suivre un ou plusieurs taxons microbiens d’intérêt à travers le temps, en combinant des approches de métagénomique, de génomique comparative et de phylogénomique.
Objectifs du stage
L’objectif sera d’évaluer dans quelle mesure les données métagénomiques permettent de détecter, identifier et caractériser de manière fiable un taxon microbien d’intérêt dans des échantillons de glace correspondant à différentes périodes.
Le travail s’articulera autour de plusieurs objectifs :
- identifier le ou les organismes cibles à partir de données métagénomiques
- évaluer la présence, la distribution et l’abondance relative de ces organismes au cours du temps
- valider les assignations taxonomiques avec des génomes de référence
- caractériser la diversité génétique du ou des organismes cibles
- comparer les génomes reconstruits à différents temps et explorer leur histoire évolutive à l’aide d’approche phylogénomiques
Missions
- Prétraitement des données de métagénomiques (contrôle qualité, filtrage des séquences de mauvaises qualités)
- Détection de l’organisme ou des organismes cibles : classification taxonomique des reads, recherche de marqueurs etc.
- Validation des identifications : comparaison avec des génomes de référence, estimation de la confiance de l’assignation taxonomique.
- Assemblage des séquences voire production de MAGs
- Analyse comparative : comparaison des séquences entre les différents périodes
- Phylogénomique : constructions et analyses de phylogénies
Profil recheché
Ce stage s’adresse à un étudiant de Master 2 en bioinformatique avec une bonne maîtrise de Python. Il devra avoir un intérêt pour la génomique, la métagénomique et la phylogénomique. Il devra aussi être capable de travailler sous un environnement Linux et d’utiliser des outils en ligne de commande. Le stagiaire devra être confortable avec l’Anglais écrit et parlé.
Environnement de travail :
Le stage durera 6 mois et pourra commencer début janvier (dates libres). Il se déroulera à l’Institut des Geosciences de l’Environnement sur le campus de l’Université Grenoble Alpes à Saint-Martin-d’Hères
Contact :
sophie-carole.chobert@univ-grenoble-alpes.fr
Encadrement :
Sophie-Carole Chobert
Catherine Larose
Marie Labat-Saint-Vincent