Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Bioinformatique structurale analyse comparative de séquences modélisation structurale Protein Blocks / PBxplore analyse des interfaces érythropoïèse mitophagie docking dynamique moléculaire

Description

Au cours de leur maturation, les précurseurs des globules rouges éliminent progressivement leurs mitochondries. Le projet ANR EpoPhagy vise à comprendre les mécanismes moléculaires qui coordonnent cette élimination avec la différenciation cellulaire, et leur articulation avec les voies de mort cellulaire.

Ce stage de Master 2 portera sur l’étude comparative de différentes formes d’une protéine impliquée dans ces mécanismes. L’hypothèse est que leurs différences structurales et dynamiques influencent leur association aux membranes mitochondriales et la reconnaissance de leurs partenaires. Le travail combinera analyse comparative de séquences, modélisation structurale, simulations de dynamique moléculaire et docking protéine-protéine. Ces approches permettront d’examiner la conservation des régions fonctionnelles, les changements conformationnels et les interactions potentielles avec des partenaires mitochondriaux.

L’objectif sera de proposer des mécanismes moléculaires et des pistes de validation expérimentale. Le stage se déroulera au sein de l’équipe DSIMB, en collaboration avec l’équipe expérimentale PAMS. Il bénéficiera des ressources de calcul et des méthodes d’analyse du laboratoire, dans un environnement associant bioinformatique structurale, biologie mitochondriale et hématologie.