Mots-Clés

métabolisme archées pangénomique benchmark

Description

Benchmark de “pan2met” sur le génome de l’archée Thermococcus kodakarensis, et application à d’autres représentants des Thermococcales

Sujet de stage type L3 / M1 en bioinformatique

début mars/avril 2027 (extension possible durant l’été)

Co-encadrement Violette DA CUNHA et Samuel ORTION

Le laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM) au Genoscope recherche un stagiaire pour le printemps 2027.

Au sein du laboratoire, nous sommes en train de développer pan2met, un outil pour la reconstruction de réseaux métaboliques à l’échelle des pangénomes procaryotes.

Violette DA CUNHA réalise une revue détaillée de la littérature autour du métabolisme de l’archée thermophile Thermococcus kodakarensis et nous disposons maintenant d’une vue plus complète du métabolisme de cette représentante des archées; un domaine pour lequel les bases de données usuelles sur le métabolisme, telles que KEGG ou MetaCyc disposent d’informations parfois moins bien renseignées que pour les bactéries ou les eukaryotes.

Les objectifs de ce stage seraient les suivants :
1. Réaliser une annotation fonctionnelle des protéines de Thermoccus kodakarensis (avec le workflow nextflow pan2met-wf par exemple).
2. Faire une comparaison des résultats de l’annotation des réactions issues du workflow, avec les annotations de la curation manuelle réalisée au Laboratoire.
3. Appliquer l’algorithme de prédiction de voies métaboliques de pan2met, avec et sans les définitions des voies supplémentaires rassemblées grâce à l’annotation experte.
4. Appliquer l’algorithme de prédiction des voies de pathway-tools PathoLogic
5. Comparer les résultats des approches pan2met et PathoLogic, et étudier l’impact de l’ajout des nouvelles définitions de voies métaboliques sur la qualité des réseaux métaboliques reconstruits.
6. Appliquer la méthode sur d’autres génomes d’archées, plus ou moins proches phylogénétiquement de Thermococcus kodakarensis, et étudier d’éventuelles différences dans les capacités métaboliques prédites.

Le candidat sera invité à participer au développement de l’outil de prédiction des voies métaboliques pan2met, et à participer au développement d’un outil graphique d’édition de fichiers de définition de voies métaboliques BioPAX, suivant ses appétences pour le développement web.

Compétences utiles

• aisance avec ligne de commande et les scripts shell
• Python
• SQL
• git