Mots-Clés
mitochondrie
génotypage
SNP
séquençage
bovins
Description
Les mitochondries sont des organites essentielles, responsable de la production d’énergie des cellules. Les mitochondries possèdent leur propre génome. Plusieurs copies d’ADN mito-chondrial (ADNmt) sont présentes dans chaque cellule et l’abondance de cet ADNmt varie selon le type de cellule et le tissu. Le nombre de génomes mitochondriaux dans une cellule, généralement appelé nombre de copies d’ADN mitochondrial (mtDNA-CN) est donc poten-tiellement informatif de la fonction des mitochondries.
Il est possible d’estimer le mtDNA-CN à partir de puces SNPs existantes et des travaux effec-tués chez l’Homme ont montré des associations entre mtDNA-CN et phénotypes métabo-liques, maladies neurogénératives, maladies cardiovasculaires, cancers, mortalité. Le mtDNA-CN semble donc être un phénotype prometteur mais l’analyse de sa variabilité chez les bovins n’a été que peu exploré à ce jour.
Grâce au développement de la sélection génomique, des milliers de bovins sont génotypés chaque année. Cependant, l’estimation du mtDNA-CN nécessite d’avoir accès à des variables spécifiques associées au génotypage et qui n’est pas accessibles jusqu’à récemment. Ces nouvelles données offre l’opportunité de caractériser la variabilité du mtDNA-CN à l’échelle de la population et d’étudier son association avec les caractères de production chez le bovin.
L’objectif principal du stage est l’analyse de la variabilité du nombre de copies de mitochon-dries chez différentes races bovines et d’étudier le lien possible avec des caractères d’intérêt agronomique. Pour cela un outil bioinformatique sera développé.
L’étudiant·e sera accompagné·e par une équipe possédant des compétences complémen-taires en bioinformatique, en génétique quantitative et en génomique fonctionnelle.
Une maîtrise de langages de programmation (bash, R ou Python) est souhaitée.
Le stage se déroulera au sein de l’unité Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), située à Jouy-en-Josas (78), dont les recherches visent à étudier la structure et le fonctionnement des génomes animaux, à comprendre le déterminisme de caractères complexes et à développer des stratégies de gestion, d’évaluation et d’amélioration des ressources génétiques animales contribuant à des systèmes d’élevage innovants et durables.
Le stage aura lieu au sein de l’équipe GBOS, qui s’intéresse à l’amélioration génétique des bovins et apportera ses compétences en génétique quantitative, génomique bovine et inter-prétation des variants génétiques.
L’étudiant·e sera co-encadré.e par Dominique Rocha (chercheur INRAE) et Clémentine Escouflaire (Ingénieure Eliance).