Mots-Clés
metabarcoding
plancton
Description
Caractérisation de la biodiversité planctonique indo-pacifique par métabarcoding ADN : analyse et valorisation FAIR des données de la mission Bougainville
Contexte : La Mission Bougainville produit depuis 2023 des données de métabarcoding ADN permettant d’étudier la biodiversité planctonique des océans Indien et Pacifique (sub)tropicaux. Ces données, uniques par leur couverture spatio-temporelle, représentent une opportunité exceptionnelle pour caractériser la richesse et la distribution du plancton indo-pacifique, pour suivre l’évolution des communautés et comprendre leur résilience et vulnérabilité aux perturbations environnementales; elles sont essentielles pour évaluer l’état de santé de l’océan. Le stage de M2 se déroulera au sein de la plateforme de bioinformatique ABiMS de la Station Biologique de Roscoff (SBR), sous la supervision de Nicolas Henry, expert en analyse de données de métabarcoding et responsable de la gestion des données pour la Mission Bougainville. La ou le stagiaire bénéficiera d’échanges réguliers avec Colomban de Vargas, directeur de recherche au laboratoire Adaptation et Diversité en Milieu Marin à la SBR, et les autres acteurs scientifiques du projet, y compris les ‘Officiers Biodiversités - VOAB - engagés sur le terrain depuis 2023. Ces interactions permettront de mieux appréhender les protocoles employés à bord des navires de la Marine Nationale et d’assurer la cohérence des analyses avec les objectifs globaux de la mission. Il ou elle bénéficiera aussi de l’expertise de l’UAR DoHNÉE (CNRS/MNHN) pour la gestion des données du projet.
Objectif et méthodes : L’objectif du stage est de réaliser une analyse rigoureuse et reproductible des données de metabarcoding de la mission Bougainville récoltées entre l’automne 2024 et l’été 2026 autour de la Réunion, de la Nouvelle-Calédonie, et de la Polynésie Française, pour aboutir à leur publication à l’été 2027. Dans un premier temps, la ou le stagiaire traitera les données brutes de séquençage des années 2 (2024/25) et 3 (2025/26) (3 marqueurs génétiques de 1 000 échantillons en cours de séquençage) pour assembler des tables d’ASVs (Amplicon Sequence Variants) en utilisant les pipelines bioinformatiques reproductibles de la plateforme ABiMS. Après une vérification de la qualité des données et de la complétude des métadonnées associées (contexte environnemental, protocoles d’échantillonnage, etc.), la ou le stagiaire réalisera des analyses écologiques descriptives, qui mettront en lumière l’intérêt scientifique des données pour l’étude du plancton Indo-Pacifique, tout en permettant d’établir une première biogéographie moléculaire des eaux outre-mer françaises. La ou le stagiaire participera également à l’amélioration du Plan de Gestion de Données (PGD) existant, en travaillant spécifiquement sur les questions liées à la publication des données de métabarcoding ADN. L’objectif sera de garantir la réutilisation optimale des données actuelles et futures de la mission, conformément aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), afin de faciliter leur utilisation par la communauté scientifique internationale et leur intégration dans des évaluations globales de l’état de l’océan. Enfin, la ou le stagiaire réalisera des figures scientifiques illustrant les jeux de données, et contribuera à la rédaction d’un premier data paper de la mission Bougainville, qui décrira en détail les données de métabarcoding générées, leur méthodologie et leur potentiel analytique pour suivre et comprendre l’évolution de la biodiversité marine.
Laboratoire : Analysis and Bioinformatics for Marine Sciences, Station Biologique de Roscoff