Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

oncologie protéomique spatiale RNAseq Whole Exome Sequencing recherche translationnelle

Description

Les cancers de la tête et du cou (Head & Neck Squamous Cell Carcinomas HNSCC) représentent le cinquième cancer le plus fréquent en France. Ils touchent principalement le larynx, l’oropharynx, la cavité buccale et l’hypopharynx). Les principaux facteurs de risques associés à ces cancers sont la consommation de tabac et d’alcool ainsi que le papillomavirus humain (HPV). Ces cancers sont fréquemment sujets aux récidives et/ou métastases. Le traitement repose sur la chirurgie, la radiothérapie et l’immunothérapie. Cependant, les biomarqueurs existants de réponse à l’immunothérapie fonctionnent mal, ce qui nécessite le développement de nouveaux biomarqueurs permettant une meilleure prise en charge des patients.
Les tumeurs constituent un écosystème, appelé micro-environnement tumoral (MET) dans lequel des cellules cancéreuses, immunitaires et stromales interagissent. Le développement récent de technologie de protéomique spatiale (immunofluorescence multiplex mIF, image mass cytometry IMC) permet, grâce à une combinaison d’anticorps, de localiser les cellules dans l’espace et de déterminer leur phénotype. Des méthodes d’analyse spatiale permettent ainsi une meilleure description de l’architecture spatiale du MET de ces tumeurs, ainsi que le développement de potentiels biomarqueurs spatiaux.
Objectifs du stage
Dans le cadre du consortium Immucan https://immucan.eu/, nous proposons de travailler sur une cohorte unique de 200 patients atteints de tumeurs réfractaires et/ou métastatiques pour lesquelles ont été recueillies des données de protéomique spatiale (3 panels de 7 marqueurs de mIF et 2 panels de 40 marqueurs d’IMC), de transcriptomique (bulk RNAseq), de génomique (whole exome sequencing) ainsi que des données cliniques.
Les missions du stage sont les suivantes :
• Développement et application de méthodes d’analyse spatiale
• Analyse statistique d’association entre les métriques spatiales et les données cliniques (statut fumeur/HPV, réponse aux traitements, survie globale et sans progression, …)
• Intégration multi-omique
Les compétences recherchées sont les suivantes
• Maîtrise de R
• Maîtrise des notions statistiques et algorithmiques de base
• Capacité à formuler des hypothèses scientifiques et à proposer un plan d’analyse pour les valider/infirmer
• Capacité à interpréter des questions biologiques et cliniques en problèmes mathématiques et synthétiser des résultats en terme biologique
• Capacité à interagir dans un environnement multidisciplinaire avec des bioinformaticiens, cliniciens, biologistes, …
• Culture générale scientifique
Le stage permettra d’acquérir des compétences en statistiques et machine learning, de découvrir les enjeux contemporains en oncologie, de développer des connaissances en biologie et immunologie des cancers, d’apprendre à interagir avec différents métiers liés à l’oncologie.
Le stage se déroulera sur une durée de 4 à 6 mois, avec une gratification de 630€/mois et sera valorisé par des publications scientifiques incluant les résultats du stage.