Mots-Clés
transcriptomique comparée
evo-devo
scRNAseq
Description
OFFRE DE STAGE
AUX RACINES DE L’IDENTITÉ DES DENTS: Etude des trajectoires développementales des populations cellulaires dans la formation des molaires de rongeur
LABORATOIRE
LBMC – Laboratory of biology and modeling of the cell, Team CIGOGNE, ENS de Lyon
ENCADRANTES
Marie Sémon (PU ENS, génomique évolutive), marie.semon@ens-lyon.fr, Sophie Pantalacci (DR CNRS, evo-devo) sophie.pantalacci@ens-lyon.fr
DURÉE
6 mois
CONTEXTE ET PROBLÉMATIQUE
Les molaires inférieures et supérieures de rongeurs utilisent presque exclusivement les mêmes gènes pour se développer bien qu’elles aient des formes différentes. Comment les programmes de développement, qui utilisent cette information génétique pour produire une morphologie, évoluent-ils en dépit de cette contrainte? En particulier, comment évoluent le génome et le développement lorsque l’une des molaires, mais pas l’autre, change de forme au cours de l’évolution?
Dans une étude récente, nous avons identifié des changements d’expression associé à une nouvelle forme de molaire supérieure chez la souris. Certains sont spécifiques de cette molaire et d’autres
partagés entre les deux molaires (pléiotropiques). Nous cherchons maintenant à savoir quels sont les changements cellulaires associés. Comment la spécification des types cellulaires accomplissant la morphogenèse a-t-elle évolué? Est-ce que le changement de morphologie implique des changements de rythme de spécification entre espèces? Est ce qu’il mobilise des caractéristiques ancestrales de la différence entre molaires inférieures et supérieures?
Des données de génomique fonctionnelles sont déjà obtenues pour la souris et le hamster (série temporelle de RNA-seq en cellule unique) dans le contexte d’un projet européen ERC.
PROFIL RECHERCHÉ
Étudiant·e en Master 1, Master 2 ou en année de césure motivé.e par la génomique comparée et l’évolution.
Goût pour l’analyse de données, bash, R ou python.
Appétence pour le développement et l’évolution
L’étudiant.e aura l’envie de travailler dans une équipe multidisciplinaire (biologie du développement, modélisation in silico, évolution moléculaire).
RÉFÉRENCES
Comparative transcriptomics in serial organs uncovers early and pan-organ
developmental changes associated with organ-specific morphological adaptation
Sémon M, Mouginot M, Peltier M, Corneloup C, Veber P, Guéguen L, Pantalacci P. Nat. Comm 2025
Jan 17;16(1):768. doi: 10.1038/s41467-025-55826-w.