Mots-Clés
population genomics
bioinformatics
mapping
genetic structure
phylogeny
Description
Période : Janvier-Juin 2026
Lieu : UMR PVBMT, Pôle de Protection des Plantes, 7 chemin de l’IRAT, Ligne Paradis, 97410
Saint-Pierre (La Réunion)
Description :
L’île de La Réunion est située au sein du point chaud de biodiversité des îles du sud-ouest de
l’océan Indien (SOOI). Elle possède une diversité de micro-climats qui, associés à l’isolement
géographique de l’île, en a fait un laboratoire vivant de l’évolution. A La Réunion, plus de 90
plantes indigènes et endémiques (connues sous le nom de “tizane” ou “zerbaz péi”) sont
étudiées pour leurs vertus médicinales et utilisées dans la pharmacopée créole traditionnelle
(Lavergne, 2016). Avec la montée des préoccupations environnementales et le regain d’intérêt
de la société pour les produits naturels, ces plantes médicinales ont récemment connu un
renouveau. Leur diversité et leur potentiel en termes de valorisation pharmaceutique ont
motivé de nombreux projets de recherche sur le territoire.
Le projet TrétZerbaj est un projet de recherche et d’innovation lauréat du Plan Innovation
Outre-Mer (PIOM). Porté par l’Université de La Réunion, il vise à valoriser la biodiversité
végétale de l’île à travers ses plantes à parfum, aromatiques et médicinales (PAPAM), pour en
extraire des actifs d’intérêt scientifique, économique et sanitaire. Implantée à La Réunion,
l’UMR PVBMT (umr-pvbmt.cirad.fr) est membre du consortium d’acteurs impliqués dans le
projet TrétZerbaj. Elle y apporte son expertise dans la caractérisation de la diversité génétique
associée aux populations naturelles et cultivées de PAPAM indigènes. Elle bénéficie pour cela
des infrastructures du pôle de protection des plantes (3P), plateforme de recherche en
sciences du vivant d’intérêt national (www.ibisa.net/).
Les populations naturelles de plantes présentent une diversité génétique indéniable à La
Réunion (Dafreville, 2013; Garot et al., 2019; Mallet et al., 2014). Si plusieurs composés
bioactifs ont pu être identifiés chez les PAPAM à l’échelle des espèces, la variabilité chimique
de ces molécules à l’échelle des populations naturelles n’est pas connue. L’influence de cette
diversité génétique sur la signature chimique des populations reste à étudier, préalable
indispensable pour identifier des écotypes d’intérêt majeur et éventuellement développer des
variétés plus pertinentes pour la filière PAPAM.
A partir des résultats de reséquençage génomique obtenus récemment chez une dizaine de
populations d’une PAPAM indigène de l’île, le/la stagiaire recruté(e) sur le projet TrétZerbaj
devra développer une chaîne d’analyse permettant de caractériser la diversité génétique chez
cette espèce et l’interpréter au regard des gradients climatiques majeurs sur l’île. Selon
l’avancement, ces travaux pourront être complétés par des analyses de GWAS (Genome-Wide
Association Studies) permettant d’associer des marqueurs génétiques à des traits quantitatifs liés
à la production de métabolites secondaires par la plante.
TRAVAUX et RESPONSABILITES :
• Développer et appliquer une chaîne d’analyse bio-informatique (contrôle qualité, nettoyage
des reads, mapping, SNP calling et filtering)
• Développer et adapter des scripts d’analyses en génétique des populations
• Animer des réunions d’équipe dédiées à l’analyse et la discussion des résultats
• Participer aux dernières sorties de terrain pour confirmer l’identification taxonomique de
certaines accessions
• Participer aux événements de communication organisées par l’UMR PVBMT et le consortium
du projet TrétZerbaj
COMPETENCES ATTENDUES :
• Connaissances approfondies en génétique et génomique des populations
• Aisance dans la manipulation et le traitement des données (scripts bash, langage R…)
• Autonomie et esprit d’initiative
• Aisance dans l’écriture de rapports scientifiques et la communication orale
• Une première expérience dans l’analyse de données NGS sera très appréciée
ENCADREMENT :
Dr. Edith Garot, Maître de conférences, UFR SHE, Département d’écologie terrestre
(https://ufr-she.univ-reunion.fr/departements/ecologie-terrestre/edith-garot)
MODALITES POUR CANDIDATER :
Merci de transmettre une lettre de motivation et un CV par e-mail à : edith.garot@univreunion.
fr et isabelle.fock-bastide@univ-reunion.fr
Date limite de candidature : 08/11/2026
REFERENCES :
Dafreville, S. (2013). Diversité et structuration génétique des Sapotacées endémiques de l’archipel des
Mascareignes à différentes échelles spatiales et temporelles [PhD]. Université de La Réunion.
Garot, E., Joët, T., Combes, M.-C., & Lashermes, P. (2019). Genetic diversity and population
divergences of an indigenous tree (Coffea mauritiana) in Reunion Island: Role of climatic and
geographical factors. Heredity, 122(6), 833–847. https://doi.org/10.1038/s41437-018-0168-9
Lavergne, R. (2016). Tisaneurs et plantes médicinales indigènes à La Réunion. Orphie.
Mallet, B., Martos, F., Blambert, L., Pailler, T., & Humeau, L. (2014). Evidence for isolation-by-habitat
among populations of an epiphytic orchid species on a small oceanic island. PLoS ONE, 9(2),
e87469. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0087469