Mots-Clés
Biologie évolutive
Phylogénétique
Métabolisme
Description
Mission : Ce poste est ouvert dans le cadre du projet ENHANCE (ANR PRC), qui vise à comprendre l’architecture des complexes impliquant des oxydoréductases (OR) associées à des protéines tubulaires (protéines à HMP), chez les procaryotes. Le poste se situe à l’interface entre deux échelles : l’analyse moléculaire et l’étude de l’évolution à grande échelle. La mission consiste en l’élucidation de l’origine évolutive de ces complexes et de leur coévolution mais également en l’identification des déterminants moléculaires nécessaires à la formation des complexes. Elle vise également à comprendre leur rôle dans un contexte métabolique et écologique.
Environnement de travail : L’ingénieur·e d’études exercera ses missions sous la responsabilité scientifique d’un chercheur spécialisé en bio-informatique et en métabolisme (Pierre Simon Garcia) au sein de l’équipe dirigée par Béatrice Py, au Laboratoire de Chimie Bactérienne (LCB), Marseille. Il.elle s’intégrera au sein d’un consortium financé par l’ANR, réunissant des biologistes et des spécialistes en biologie structurale. Il.elle aura également l’opportunité de suivre des formations afin acquérir de nouvelles compétences nécessaires à sa mission.
Activités :
Principales (Responsabilité complète)
- Identification d’homologues, nettoyage des jeux de données.
- Analyse phylogénétique.
- Analyse corrélative.
- Analyse structurale des différents complexes.
- Développement de scripts et pipelines.
- Documentation des pipelines et des résultats.
Secondaires (Contribution/support)
- Collaboration avec les autres tâches du projet (partage de données, participation à la rédaction de rapports).
- Veille scientifique sur les méthodes en phylogénomique et sur les aspects moléculaires.
Compétences :
Techniques (Maîtrise avancée)
Bioinformatique :
- Maîtrise des bases de données génomiques (GTDB, NCBI) et requêtage (BLAST, HMMER).
- Maitrise des outils de phylogénétique (Alignement multiple, trimming, inférence phylogénétique, réconciliation)
- Maitrise des outils de génomique comparative (synténie, clusters d’orthologues).
- Maitrise des outils d’analyse de séquence et de structure (Aliview, PyMOL, AF3)
- Maitrise des outils statistiques (tests statistiques, analyse corrélative).
Programmation et automatisation :
- Python (Biopython, scipy), Bash.
- Utilisation de clusters HPC (SLURM).
Transversales (Maîtrise intermédiaire à avancée)
Biologie évolutive, microbiologie et mécanismes moléculaires :
- Concepts de base en biologie évolutive (orthologie/paralogie, transfert horizontal, coévolution, taxonomie).
- Connaissance des métabolismes procaryotes.
- Connaissance des aspects structuraux et moléculaires (structure 3D de protéines, biochimie des protéines)
Gestion de projet et collaboration :
- Travail en équipe pluridisciplinaire (biologistes, biochimistes).
- Autonomie dans la résolution de problèmes techniques.
- Rigueur scientifique : documentation, reproductibilité, traçabilité.
- Rédaction de rapports techniques et présentation de résultats.
- Anglais scientifique (niveau C1 : lu, écrit, parlé).
Savoir-être :
- Curiosité intellectuelle, pragmatisme, adaptabilité, esprit d’initiative.
Les candidatures se font uniquement par le site du CNRS : https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR7283-DELLER-108/Default.aspx