Mots-Clés
NGS
métagénomique
nanopore
long-reads
virologie
Description
Développement d’un pipeline de génotypage du virome cutané à partir d’un séquençage par Nanopore
SPÉCIFICITÉ ET ENVIRONNEMENT DU POSTE
Notre équipe a engagé dès 2018 des travaux sur l’étude du virome cutané à partir d’échantillons biologiques. Les papillomavirus humains (HPV) sont des virus commensaux de la peau et des muqueuses constituant une part importante de leur virome naturel. Les HPV sont des petits virus à ADN bicaténaire circulaire d’environ 8kpb ; certains d’entre-eux possèdent des capacités d’intégration génomique. Le nombre de types d’HPV a considérablement augmenté ces dernières années dans les bases de données génomiques en raison des études croissantes sur les microbiotes et des progrès du NGS. Jusqu’ à ce jour, plus de 460 types ont été décrits, selon les critères internationaux de classification taxonomique reposant sur la séquence d’un gène codant la protéine majeure de la capside (L1) [1]. Une identification précise du virome chez certains individus trouve des applications en pratique médicale, car des dysbioses marquées par des expansions virales et des paramètres de diversité intra-individuelle (alpha) ont été associées à des évolutions cancéreuses de la peau. Notre équipe a engagé dès 2018 des travaux sur l’étude du virome cutané à partir d’échantillons biologiques et validé cette preuve de concept en utilisant une stratégie de métagénomique virale ciblée sur Illumina [2]. Notre technique de séquençage a été depuis beaucoup optimisée (C. Dominguez-Lafage et al., publication en cours), tenant compte de l’évolution taxonomique. Une standardisation en utilisant la technologie Oxford Nanopore Technologies (ONT) est devenue nécessaire pour une application médicale future.
MISSIONS ET CONNAISSANCES
Les missions de l’ingénieur recruté(e) seront de développer et d’optimiser un pipeline pour le génotypage du virome, des HPV en particulier, dans la continuité de nos travaux, avec une possibilité d’ouvrir à d’autres virus eucaryotes (ex. polyomavirus), en utilisant la technologie ONT. Ce pipeline implique plusieurs étapes et outils incluant, contrôles de qualité, gestion de la métadonnée, mapping, variant calling, OTU/AVS clustering, génération de séquences consensus, phylogénie et mise en forme des résultats.
L’ingénieur recruté sera chargé de :
(1) Sélectionner les outils bioinformatiques les plus adaptés aux objectifs des projets de l’équipe et aux caractéristiques des données de séquençage.
(2) Concevoir, développer et implémenter un pipeline reproductible pour le traitement et l’analyse des données.
(3) Tester, optimiser et valider le pipeline à partir des jeux de données de séquençage ONT (MinION_MK1D) déjà disponibles au laboratoire.
(4) Rédiger une documentation technique détaillée, comprenant notamment un manuel d’utilisation et un fichier README, afin de faciliter la prise en main, la reproductibilité et la maintenance du pipeline.
(5) Contribuer aux projets de recherche translationnelle de l’équipe, en participant au traitement et à l’analyse bioinformatique des données générées dans le cadre des programmes de recherche translationnelle en cours au laboratoire.
(6) Mise en forme, Restitution et Visualisation des données
CONNAISSANCES ET SAVOIR-FAIRE
• Programmation et analyse de données : capacité à développer, adapter et automatiser des scripts en R et/ou Python (ou autres) pour le traitement, l’analyse statistique et la visualisation de données bioinformatiques du NGS.
• Séquençage haut débit : bonne connaissance des spécificités des données de séquençage ONT, notamment des lectures longues, ainsi que des outils bioinformatiques adaptés à leur traitement et à leur analyse.
• Métagénomique et écologie virale : connaissance en métagénomique virale et expérience dans l’analyse de la diversité des communautés, incluant les diversités alpha et bêta, le calcul et l’interprétation d’indices de diversité (Shannon, Simpson, richesse), les analyses de dissimilarité (Bray-Curtis, Jaccard ou UniFrac selon la nature des données), les analyses multivariées (PCoA, NMDS) et éventuellement les tests statistiques comparatifs entre groupes.
• Phylogénie moléculaire : idéalement connaissance complémentaire des méthodes de reconstruction phylogénétique, incluant l’alignement de séquences, la sélection de modèles évolutifs, la reconstruction et la visualisation d’arbres phylogénétiques, ainsi que l’évaluation de leur robustesse (bootstrap ou autres méthodes d’estimation du support).
APTITUDES
Une attention particulière sera accordée à la rigueur scientifique, à l’autonomie, aux qualités de la communication et aux capacités de travail en équipe du candidat ou de la candidate. La personne recrutée devra être en mesure de mener son projet en collaborant avec les membres de l’équipe et de contribuer à la valorisation scientifique des résultats.
EXPERIENCE
Une expérience dans la gestion de métadonnées est souhaitable et une expérience dans la métagénomique et écologie virale serait un atout sans être exigée.
Démarrage : février 2027
Candidature :
Merci d’envoyer votre candidature, avec votre CV, une lettre de recommandation et si possible des références à : Claire DEBACK (claire.deback@ext.inserm.fr)
INSERM UMR 996 « Inflammation, Microbiome et Immunosurveillance »
Eq.1 Chemokines, Immunoregulation and virome (CreatIVe)
http://umr996.inserm.fr/teams/team-i/
Université Paris-Saclay
Faculté de Pharmacie
Bâtiment Henri Moissan HM1
17, avenue des Sciences
91400 Orsay
Références :
(1) Koenraad Van Doorslaer, Zhiwen Li, Sandhya Xirasagar, Piet Maes, David Kaminsky, David Liou, Qiang Sun, Ramandeep Kaur, Yentram Huyen, Alison A. McBride, The Papillomavirus Episteme: a major update to the papillomavirus sequence database, Nucleic Acids Research, Volume 45, Issue D1, January 2017, Pages D499–D506, https://doi.org/10.1093/nar/gkw879
(2) Molet L, Girlich D, Bonnin RA, Proust A, Bouligand J, Bachelerie F, Hantz S, Deback C. Identification by high-throughput sequencing of HPV variants and quasispecies that are untypeable by linear reverse blotting assay in cervical specimens. Papillomavirus Res. 2019 Dec;8:100169. doi: 10.1016/j.pvr.2019.100169.