Mots-Clés
réserve opérationnelle
data analyst
métabolomique
biologie moléculaire
Description
CONTEXTE ET PRÉSENTATION DE LA FORMATION D’EMPLOI
La réserve opérationnelle est composée de volontaires qui s’engagent à servir au sein des armées et services (SSA, armée de Terre, Marine nationale, armée de l’Air et de l’Espace, DGA, etc.). Elle contribue au renforcement des effectifs pour des actions particulières ou des opérations ponctuelles, et permet également d’exercer tout au long de l’année des fonctions professionnelles complémentaires au profit des forces armées.
L’Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA) conduit des projets de recherche en santé et en médecine opérationnelle au profit des forces armées. Il développe des connaissances, des expertises et des innovations destinées à protéger la santé des militaires et à renforcer leur capacité opérationnelle.
Dans ce cadre, le Département des Plateformes et Recherche Technologique (DPRT) joue un rôle clé dans l’analyse et la valorisation de données issues de projets à fort contenu omique — notamment en génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique et épigénétique. Il accompagne les unités de recherche dans l’interprétation et l’exploitation de ces données afin d’en tirer des résultats scientifiques pertinents.
MISSIONS PRINCIPALES
Au sein du DPRT, le/la réserviste Data Analyst contribue à l’exploitation analytique des données de séquençage à haut débit (NGS) et des données multi-omiques. Il/elle accompagne les équipes scientifiques dans le choix et la mise en œuvre de stratégies d’analyse adaptées aux questions de recherche.
• Collecter et traiter les données : piloter les pipelines de traitement et d’interprétation des données NGS et/ou de métabolomique, et réaliser le prétraitement et le contrôle qualité.
• Structurer et intégrer les données : normaliser, croiser et analyser des données issues de différentes technologies omiques afin d’identifier les signaux biologiques pertinents.
• Développer et maintenir des outils : concevoir, optimiser et documenter des scripts et pipelines d’analyse, notamment avec Snakemake ou Nextflow.
• Analyser et interpréter : mettre en œuvre des analyses statistiques et bioinformatiques pour identifier des biomarqueurs et contribuer à la caractérisation de mécanismes biologiques.
• Mobiliser l’intelligence artificielle : appliquer des méthodes d’apprentissage automatique pour l’analyse de données complexes, la classification, le clustering, la modélisation prédictive et l’extraction de connaissances à partir de grands volumes de données biologiques.
• Garantir la qualité : assurer la traçabilité, la reproductibilité des analyses et la documentation des scripts et procédures.
• Collaborer et valoriser : travailler avec les équipes scientifiques, cliniques et techniques, et contribuer à la rédaction de rapports scientifiques et techniques ainsi qu’à la valorisation des résultats.
COMPÉTENCES ET EXPÉRIENCE RECHERCHÉES
• Expérience significative en analyse de données NGS et multi-omiques ; une expérience opérationnelle immédiatement mobilisable est attendue.
• Programmation : maîtrise de R et/ou Python ; la connaissance de Perl est appréciée. Capacité à développer, maintenir et documenter des scripts.
• Environnements et pipelines : pratique de Unix/Linux et connaissance des outils d’analyse omique, notamment BWA, GATK, Salmon et DESeq2.
• Bioinformatique : conception, optimisation et annotation de pipelines d’analyse, y compris pour l’intégration de données issues de différentes technologies.
• Statistiques et IA : maîtrise des méthodes de régression, classification, clustering et apprentissage automatique, ainsi que de l’évaluation et de la validation des modèles.
• Compétences transversales : gestion de projet, rigueur, qualité, traçabilité, reproductibilité, rédaction de rapports, communication et valorisation des résultats.
• Capacité à travailler dans un environnement pluridisciplinaire, réglementé et confidentiel.
PROFIL DES CANDIDATS
Candidats issus d’une formation de niveau Master 2. Un niveau licence peut être envisagé pour les candidats disposant d’une expérience professionnelle particulièrement solide et directement pertinente en bioinformatique, NGS et analyse de données multi-omiques.
MODALITÉS D’ENGAGEMENT
• Statut : réserve opérationnelle, au sein du corps des commissaires.
• Volume d’activité demandé à ce stade : 30 jours par an ; ce volume pourra être réexaminé ultérieurement selon les besoins et les possibilités.
• Durée du contrat : 3 à 5 ans, renouvelable.
• Lieu : IRBA, Brétigny-sur-Orge (91), DPRT — unités BM et DAB.
AVANTAGES
• Immersion dans un environnement de recherche pluridisciplinaire.
• Accès aux plateformes techniques de pointe de l’IRBA, notamment en transcriptomique et métabolomique.
• Engagement modulable permettant de concilier les périodes d’activité avec la vie personnelle, professionnelle ou étudiante.
• Indemnités journalières dépendant du grade, exonérées d’impôt sur le revenu selon les modalités applicables.
CANDIDATURE
Pour mettre votre expertise au service de la défense nationale et contribuer à des projets de recherche de haute technicité, transmettez votre CV et une lettre de motivation à : laure.barbier@def.gouv.fr et nicolas.taudon@def.gouv.fr