Mots-Clés
biologie spatiale
IA explicable
apprentissage profond sur graphes
transcriptomique
métabolomique
Description
L’équipe Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer recherche un(e) chercheur(se) postdoctoral(e) talentueux(se) pour rejoindre un projet interdisciplinaire à l’interface entre biologie du cancer, omiques spatiales et intelligence artificielle.
Les tumeurs reprogramment profondément leur microenvironnement, entraînant des altérations de nombreux réseaux cellulaires et moléculaires. Dans ce projet, nous souhaitons cartographier ces perturbations afin de mieux comprendre l’hétérogénéité du microenvironnement tumoral et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles. Le projet portera sur les cancers du sein et colorectaux, avec une attention particulière accordée aux voies métaboliques et à leur organisation spatiale.
Différentes modalités de données seront étudiées, avec une approche privilégiée combinant transcriptomique spatiale et métabolomique ciblée. En fonction de la disponibilité des données et des questions biologiques abordées, le projet pourra également s’appuyer sur des analyses moléculaires en vrac (bulk) ainsi que sur des données de transcriptomique spatiale sans métabolomique appariée.
La personne recrutée développera principalement des approches d’apprentissage profond explicables basées sur les graphes. Ce projet sera mené en étroite collaboration avec des chercheurs expérimentateurs et cliniciens spécialistes de la biologie des cancers du sein et colorectaux, offrant ainsi un environnement fortement interdisciplinaire pour le développement et la validation de nouvelles approches computationnelles.
Le ou la candidat.e devra préférentiellement posséder une thèse en bioinformatique avec des bases solides de mathématiques et/ou statistique, ou une thèse en mathématiques appliquées/informatique avec un fort intérêt pour la biologie.