Mots-Clés
Assemblage et annotation de génomes de poissons
traitement de données de séquençage à haut débit
développement de chaînes de traitement type Nextflow ou Snakemake
Description
Assemblage et annotation de génomes de poissons – Toulouse ou Rennes – CDD 24 mois
Contexte : Dans le cadre du projet AtlasG2P « Biodiversité génomique des poissons de Guyane », deux postes de niveau ingénieur·e d’études en bioinformatique sont à pourvoir pour une durée de 24 mois. Les personnes recrutées auront pour mission principale d’assembler, d’annoter et d’analyser des génomes de poissons à partir de données de séquençage à haut débit. Les postes seront basés au laboratoire MIAT d’INRAE à Toulouse, au sein de l’équipe de bioinformatique sous la responsabilité de Christophe Klopp et Cédric Cabau, ou au laboratoire de physiologie et génomique des poissons (LPGP) à Rennes, sous la responsabilité de Yann Guiguen, responsable scientifique du projet pour INRAE.
Employeur et lieu d’affectation : Les personnes recrutées seront salariées de l’entreprise HYDRECO en Guyane, sous contrat de droit privé et accueillies dans des laboratoires INRAE en qualité de PEPS (Personnels Et Partenaires Suivis).
Missions principales :
• Réaliser des assemblages de novo de génomes à partir de données de séquençage à haut débit, notamment de lectures longues et de données Hi-C.
• Évaluer, corriger et valider la qualité des assemblages : continuité, complétude, contamination, redondance haplotypique et cohérence biologique.
• Participer à la curation manuelle des assemblages, en particulier à la validation de l’organisation des chromosomes.
• Produire les annotations structurales et fonctionnelles des génomes à l’aide de données transcriptomiques.
• Développer des analyses et des outils en Python et/ou R pour le traitement des données, les analyses statistiques et la visualisation des résultats.
• Assurer la documentation, la traçabilité, la reproductibilité et la gestion des versions des analyses et des données produites.
• Participer au dépôt des séquences, assemblages et annotations dans les bases publiques appropriées, notamment ENA, SRA et NCBI.
• Interagir avec les biologistes, généticiens, bioinformaticiens et responsables scientifiques du projet.
• Contribuer à la rédaction de rapports techniques, de communications scientifiques et, selon les résultats, de publications
Compétences requises :
• Formation de niveau Bac +5 en bio-informatique, informatique, biologie computationnelle ou domaine apparenté, ou expérience professionnelle équivalente.
• Expérience dans le traitement de données de séquençage à haut débit.
• Bonne maîtrise d’un environnement Linux et du scripting Bash.
• Expérience du calcul sur cluster : SLURM, gestion des tâches et des ressources, suivi des journaux d’exécution et diagnostic des erreurs.
• Maîtrise d’au moins un langage de programmation de haut niveau, notamment Python ou R. La maîtrise de Python sera particulièrement appréciée.
• Niveau d’anglais scientifique permettant de consulter efficacement la documentation technique et la littérature scientifique.
Compétences appréciées :
• Expérience en assemblage et/ou annotation de génomes eucaryotes.
• Connaissance des données de lectures longues PacBio HiFi, des données Hi-C et des données RNA-seq.
• Expérience dans le développement de chaînes de traitement type Nextflow ou Snakemake.
• Pratique des conteneurs logiciels : Apptainer/Singularity ou Docker.
• Maîtrise de Git.
• Connaissance des bonnes pratiques de développement : tests, documentation et reproductibilité.
• Capacité à utiliser les principales bases de données génomiques publiques, ENA, SRA et NCBI.
Qualités attendues :
• Rigueur dans le traitement et la validation des données.
• Autonomie et capacité à rendre compte de l’avancement des travaux.
• Capacité à travailler en équipe et à interagir dans un environnement interdisciplinaire.
• Capacité à documenter et à transmettre les méthodes développées.
• Intérêt pour la génomique comparative, la biodiversité et les espèces non modèles.
Conditions proposées :
• Nombre de postes et durée : 2 postes de 24 mois
• Niveau de fonctions : ingénieur·e d’études
• Type de contrat : CDD de droit privé
• Temps de travail : temps complet