Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

programmation ingénierie des données traitement des données gestion de workflows bases de données spectrométrie de masse

Description

CDD Ingénieur·e bioinformaticien·ne/data scientist au CEA : développement de workflows haut-débit pour le traitement des données de spectrométrie de masse multi-modales et la création de bases de données pour l’IA
Contexte : La création de bases de données de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) est un enjeu majeur pour l’entrainement de modèles d’IA afin de prédire la structure des petites molécules [1]. La constitution de telles bases de données nécessite le développement de workflows computationnels pour planifier les acquisitions, traiter les données, et les formater [2]. Dans le cadre de l’infrastructure de métabolomique (MetaboHUB) et du projet d’IA pour l’élucidation structurale (e-Lucid), de nouvelles données MS/MS multi-modales sont en cours d’acquisition (multiplicité des technologies et des conditions de fragmentation).
Sujet : L’ingénieur·e sera chargé·e de développer les workflows computationnels haut-débit pour traiter ces données, créer les bases de données et les diffuser dans la communauté. Les workflows incluront notamment les modules de planification des expériences, de recherche des métadonnées associées au molécules, de traitement des spectres, de leur matching avec les bases de données spectrales publiques, de leur indexation, de leur harmonisation, et de leur formatage au sein de bases de données compatibles avec l’entrainement des modèles d’IA. Les bases de données spectrales et les workflows logiciels associés seront diffusés dans un contexte FAIR auprès des communautés informatiques et expérimentales.
Références :
[1] Rutz,A. et al. (2026) MultiMS2: A curated multi-modal, multi-energy spectral library for metabolomics. Gigascience. https://doi.org/10.1093/gigascience/giag069.
[2] Brungs,C. et al. (2025) MSnLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries. Nat Methods, 1–4. https://doi.org/10.1038/s41592-025-02813-0.
Profil : Nous recherchons un·e ingénieur·e bioinformaticien·ne avec une solide formation en programmation Python, gestion de workflow (Nextflow) et bases de données (PostgreSQL), et si possible une expérience des données de spectrométrie de masse.
Laboratoire d’accueil : L’équipe Odiscé du CEA Saclay, membre de l’infrastructure nationale MetaboHUB, est spécialisée depuis plus de 15 ans dans le développement de méthodes en informatique mathématique (traitement du signal, machine learning, chémoinformatique, gestion de workflows) et de librairies logicielles innovantes en sciences des données de spectrométrie de masse pour la métabolomique de population. Les données et algorithmes sont mis à disposition de la communauté grâce à une suite logicielle, également disponible sous Galaxy/Workflow4Metabolomics.
Durée : 24 mois
Date limite de candidature : 30/10/2026
Contact : Merci d’adresser votre candidature (CV détaillé avec les expériences professionnelles, lettre de motivation, coordonnées des personnes référentes) à :
Etienne Thévenot (etienne.thevenot@cea.fr)
Equipe sciences des données de spectrométrie de masse pour la métabolomique (Odiscé)
Laboratoire Innovations en spectrométrie de Masse pour la Santé (LI-MS)
CEA, Centre de Saclay, F-91191 Gif sur Yvette, France
Team: https://odisce.github.io/
GitHub: https://github.com/odisce