Actualités
Concours de visuels ouvert jusqu'au 15 janvier 2024
La SFBI souhaite mettre en avant les talents artistiques de la communauté via un concours de visuels.
En effet, la SFBI va bientôt donner la possibilité d'acheter de nouveaux goodies. Et à cette occasion, elle souhaite faire peau neuve pour orner les futurs t-shirts, sweats ou tasses. Nous souhaiterions donc de nouveaux visuels (image et/ou texte rigolos en lien avec la bioinformatique).
Ils devront être assez gros pour mettre sur l'avant des t-shirt ou l'arrière des sweats par exemple. La qualité des visuels doit être suffisamment importante en format vectoriel (SVG ou PDF) pour qu'ils ne soient pas pixellisés en cas d'agrandissement. De plus, il faudra que les nouveaux visuels intègrent le logo existant de la SFBI (voir ci-joint) et restent dans la même charte graphique (mêmes couleurs) que ce-dernier.
Nous savons que parmi la communauté se cachent de nombreux talents alors n'hésitez plus, jetez-vous sur votre crayon favori ou votre ordinateur et faites parler votre imagination.
Les trois meilleurs designs seront utilisés pour la création des goodies et les grands gagnants se verront offrir un lot de cadeaux (t-shirt + sweat + tasse avec leur propre logo).
N'attendez plus et envoyez-nous vos plus belles créations à l'adresse suivante : contact@sfbi.fr avec l'intitulé "SFBI concours logo". Vous avez jusqu'au 15 janvier 2024 pour participer et les résultats du concours seront communiqués courant février.
Nous avons hâte de découvrir l’ensemble de vos œuvres !
Bonne chance à toutes et à tous
Interview Eric Rivals et Alexandre David
Du développement d’outils à la conquête des marchés, une collaboration durable
Cartes d’identité :
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Entretien
Comment a débuté votre collaboration ?
Il y a une dizaine d’années, à son retour en France, Alexandre a monté son groupe de recherche sur la régulation de l’expression des gènes au niveau traductionnel. C’était à l'époque un domaine émergent et le développement d’outils bioinformatiques était nécessaire. La prise de contact avec Eric, après qu’il ait assisté à un de ses séminaires sur l’analyse de transcriptome, a mené à des premiers travaux exploratoires sur la mise au point et l'analyse de Ribo-seq chez l'humain, avec la proposition d'une approche originale et d'un logiciel pour une question classique en biologie : le biais d'usage des codons.
Comment a évolué votre collaboration au fil du temps ?
Au fil des années, les projets plutôt théoriques ont laissé place à des projets ayant des objectifs plus appliqués en cancérologie, mais aussi à d’autres projets fondamentaux, notamment grâce à l’obtention d’un financement LabEx pluridisciplinaire (biologie, physique, maths et bioinformatique), multi-laboratoires pour un projet méthodologique qu’Eric a dirigé durant 4 ans. La complémentarité des expertises de chacun a permis d’explorer des questions complexes relatives à l’acquisition de résistance aux traitements dans les cancers colorectaux au travers de l'analyse conjointe du transcriptome et du traductome. Le but d’un tel projet est de découvrir les voies métaboliques dérégulées et les processus moléculaires à l'œuvre dans l’acquisition de la résistance.
Par la suite, ils ont élargi leur éventail de possibilités en cherchant des collaborateurs apportant de nouvelles compétences provenant d’autres disciplines. En effet, Christophe Hirtz, responsable de la Plateforme de Protéomique Clinique au CHU de Montpellier, a rejoint avec enthousiasme leurs projets. Ces derniers nécessitaient des connaissances en biochimie pour développer et appliquer des techniques de spectrométrie de masses, généralement utilisées en protéomique, à l’étude des modifications chimiques des nucléosides. En combinant l'analyse des modifications biochimiques des ARN isssus de prélévements tumoraux et des algorithmes d'apprentissage automatique, ils ont réussi à prédire le stade d'avancement du plus fréquent des cancers du cerveau, le gliome. Ces travaux ont donné lieu à un brevet et une publication. Afin d'améliorer la technique de détection, le projet a bénéficié des compétences d'une équipe de chimie aussi située à Montpellier. Cette collaboration multi-culturelle fonctionne ainsi depuis quelques années et émule les recherches dans chacune des disciplines impliquées.
Aujourd'hui, cet axe de recherche se développe dans un projet d'innovaton et de maturation technologique visant des applications cliniques pour le diagnostic précoce de cancers. Les objectifs différent de ceux de projets plus théoriques : il s'agit d'apporter des solutions technologiques d'aide à la décision aux médecins et cliniciens. Ils mènent des discussions préalables afin d'identifier les questions précises posées par les cliniciens, d'en comprendre les enjeux et voir comment cette nouvelle approche peut aider dans le traitement, la prise en charge, ou le suivi des patients.
Comment arrivez-vous à faire avancer vos projets communs ?
Le recrutement commun d’étudiant·e·s en thèse et en master est une étape essentielle à la faisabilité des projets. Ils recherchent en particulier des étudiant·e·s étant intéressé·e·s par acquérir la double compétence biologie/bioinformatique, qu’ils forment par la suite aux deux domaines. Ces doubles compétences sont d’ailleurs recherchées à l’interface avec les autres disciplines composant leur cluster de recherche (bioinformatique/biophysicien, biologie/chimie, etc.). Elles sont importantes à la fois pour les projets, car l’étudiant·e prend en compte les spécificités de chaque discipline et permet de faire un pont solide entre elles, mais aussi pour l’étudiant·e qui saura parler le langage de chaque discipline , ce qui n’est pas si courant, et facilitera les futures collaborations.
Leur message
Le mot d’ordre est d’être curieux, “Faut y aller !” , ne pas rester dans les sentiers battus. Une grande demande en bioinformatique est associée au séquençage haut-débit, mais il n’y a pas que ça comme technologie, la spectrométrie de masse par exemple a besoin de développement. “Regardez ce qui a été développé pour différentes technologies, ne restez pas dans une niche ! Il faut trouver la sienne !”, il faut sortir de sa zone de confort tous les 5-10 ans pour avoir un regard neuf, apprendre de nouvelles choses et pouvoir innover.
Il y a beaucoup de sujets passionnants et ça vaut le coût d’acquérir une vraie compréhension des deux domaines, ça demande des efforts mais qui sont rapidement récompensés. Les personnes ayant une bonne connaissance de l’informatique (algorithmique, apprentissage automatique, programmation) sont en particulier les bienvenues.
Ingénieure d’Études en Ingénierie Logicielle
Le 19/06/2023
Carte d'identité:
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Entretien
Quels sont vos domaines de recherche ou d'expertise?
Pendant 9 ans, j’ai travaillé en tant qu’ingénieure en développement et déploiement d’applications sur la plateforme bioinformatique Migale de l’unité MaIAGE. Depuis 3 ans, j’ai rejoint l’équipe de recherche StatInfOmics au sein de la même unité. Je suis amenée à traiter des données assez hétérogènes allant des données « omiques » (génomique, transcriptomique, …) mais également des données issues de traitement automatique de la langue (text-mining) par exemple.
Concrètement, en quoi cela consiste ?
Mon travail consiste à développer des outils (bio)informatiques afin d’analyser ces données, les mettre à disposition de la communauté, les visualiser, …
Concrètement, je participe à la mise en place de workflow d’analyses. Le dernier en date est un workflow de détection de pseudogènes chez les bactéries. C’est une collaboration entre mon équipe mais également l’Institut Pasteur. Je mets également à disposition des bases de données, comme par exemple, Omnicrobe qui est une base de données dédiée aux habitats et phénotypes de micro-organismes. Sa particularité est qu’elle regroupe des données issues de différentes sources (PubMed, GenBank, DSMZ, CIRM). Je développe des interfaces web, comme Genoscapist qui permet de visualiser des données hétérogènes le long d’un génome. On peut en effet, parcourir des données d’annotation mais également des données d’expression.
En dehors de cette activité de développement qui occupe la majorité de mon temps, je suis également impliquée dans des actions de formation. En effet, depuis plus de 10 ans, je suis formatrice dans le cadre du cycle Bioinformatique par la pratique de la plateforme Migale.
Collaborez-vous avec des biologistes ? Quel type de collaboration est-ce ?
Une grande partie des outils que je développe sont à destination de microbiologistes. Je collabore donc étroitement avec eux afin de bien comprendre leurs questions de recherche et leurs besoins. La majorité des projets sur lesquels je travaille sont des collaborations entre bioinformaticiens, mathématiciens, informaticiens et microbiologistes. Chacun apporte ses compétences pour répondre à une problématique ciblée et partagée.
Quel avenir imaginez-vous pour la bioinformatique ?
La bioinformatique est un domaine qui a émergé il y a maintenant quelques années. C’est un domaine vaste, qui englobe plusieurs champs d’applications, que ce soit l’analyse de séquences, la bioinformatique structurale, l’analyse de réseaux, … C’est un domaine en constante évolution, avec l’émergence de nouveaux outils, de nouvelles méthodologies, … L’apport de la bioinformatique dans le domaine de la recherche n’est plus à démontrer. Outre les aspects de FAIRification des données et des analyses qui sont au cœur de la bioinformatique depuis quelques temps, il y a probablement des réflexions à avoir également côté RSE (Responsabilité Sociétale des Entreprises) dans notre domaine. Comment contribuer aux enjeux du développement durable dans le domaine de la bioinformatique ?
Votre message à destination des étudiants/jeunes bioinformaticiens ?
Ne vous fermez aucune porte, soyez curieuses et curieux ! Tout au long de votre parcours professionnel, que ce soit en stage ou même plus tard, explorez votre environnement. Visitez des laboratoires divers et variés : équipe de recherche, plateforme de service. Échangez avec des collègues de tout horizon : analyste, développeur, (bio)statisticien, mathématicien, biologiste, … Travaillez si possible sur des organismes différents : les plantes, les bactéries, l’Homme, … Et pour finir, n’oubliez pas, qu’en bioinformatique, on a la chance d’avoir une communauté très riche et plutôt bien structurée alors n’hésitez pas à la mobiliser si besoin et à partager.
Qu'est-ce qu'un.e bioinformaticien.ne ?
Fiche métier générique bioinformaticien produite par le groupe de la travail sur les métiers de la Bioinformatique (MetBif) de la Société Française de Bioinformatique (SFBI).
Où trouver les offres d'emploi/stage.... via le site de la SFBI
La SFBI se donne pour mission de mettre à disposition de la communauté bioinformaticienne française un support de diffusion d'offres d'emplois et de stage dans le domaine de la bioinformatique évidemment mais plus largement en informatique et en (bio)statistiques.
Les offres en cours sont catégorisées selon le niveau détude (minimum pour les offres d'emplois, en cours pour les offres de stages), le type de poste (ingénieur, chercheur, ...), le type de contrat et leur durée, le lieu et les dates importantes de l'annonce. Les annonces sont majoritairement française, mais nous avons de plus en plus de proposition ailleurs dans le monde.
Ces offres sont classées selon leur date de publication, mais n'hésitez pas à filtrer trier et explorer l'ensemble des annonces. Par ailleurs, nous maintenons une liste de diffusion pour recevoir chaque semaine les nouvelles offres.
Comment connaitre les domaines les plus demandeurs ?
Chaque année, la SFBI publie un bilan des offres proposées sur l'année passée. Cela nous permet de suivre les tendances en terme de types d'emplois, mais aussi thématiques, ou zones géographiques
- Le premier bilan, pour l'année 2021 (à partir d'avril), fait état de 735 annonces. Consultez l'article détaillé pour visualiser leur répartition.
- Bilan année 2022 (Janvier-Décembre), 1044 annoces ont été publiées. Plus de détail dans cet article.
Et après, se faire un réseau : l'exemple de MERIT et de BioInfoDiag
Le Réseau MetiER en bIoinformaTique (MERIT) vise à fédérer les ingénieurs en bioinformatique des établissements d’Enseignement Supérieur et Recherche (ESR) à l’échelle nationale afin de contribuer à structurer cette communauté en favorisant les échanges.
Le Réseau Français de Bioinformatique pour le Diagnostic (BioInfoDiag) est une association Loi 1901 qui vise à regrouper les différentes communautés d’utilisateurs et de développeurs d’algorithmes et de pipelines bioinformatiques pour le diagnostic et la prise en charge des pathologies humaines en lien direct ou indirect avec la génomique.
Bilan des offres d’emplois et stages 2022
Pour l’année 2022, , 1044 annonces ont été postées:
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502 offres s’adressaient aux étudiants pour des stages de niveaux BTS à M2, les stages de M2 représentant la majorité des offres étudiantes (301), ainsi que 68 thèses, et 99 contrats d’apprentissage.
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542 offres d’emploi dont 32.7% à durée indéterminée. Ces offres s’adressaient aux candidats en ingénierie ( de AI à IR en passant par les autres postes en ingénierie du monde du privé) pour 63% des offres en contrat court, et 52% en contrat à durée indéterminé, 32.6% et 11 % aux chercheurs et enseignant chercheur, et 5% et 36% aux autres postes.
On retrouve majoritairement des offres du domaine de l’analyse de données séquences (méta-, épi-)génomiques et transcriptomiques et notamment via les technologies single-cell. Nous retrouvons également le développement de méthode dans les domaines du machine learning, de intelligence artificielle, du deep learning et de la modélisation (bio-)statistique.
La majorité des annonces publiées concernent le territoire français (94% dont 2 en Guadeloupe), 49 de ces annonces concernent le territoire européen et 15 sont réparties ailleurs dans le monde.
Plus précisément, en France, 42% des annonces concernent la région Île-de-France et 64% d'entre elles sont localisées à Paris. Environ 1/3 des offres se répartissent équitablement dans les régions Occitanie (17% dont 41% à Montpellier et 21% à Toulouse) et Auvergne-Rhône-Alpes (15% dont 63% à Lyon et 12% à Grenoble).
Pour 2023, à la date du 10 février, 124 offres ont déjà été mises en ligne sur le site de la SFBI.
Nous espérons que chaque offre a trouvé et trouvera un candidat. Bonne recherche à tous