Société Française de Bioinformatique

Actualités

Qu'est-ce qu'un.e bioinformaticien.ne ?

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Tunetoo shop unavailable

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Please be advised that the SFBI Tunetoo shop has been deactivated for an indefinite period. The SFBI office has been trying to contact Tunetoo for several months now, but without success. Until we receive information from them regarding our shop, it will remain deactivated. We apologise for any inconvenience caused.

Meeting of West African and French networks on bioinformatics

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From 15 to 17 December 2025, a delegation from the French Institute of Bioinformatics (IFB/ELIXIR-FR), the French Society of Bioinformatics (SFBI) and the University of Montpellier was invited to the launch of the West African Network of Bioinformaticians and System Administrators (RABIAS), organised by the WAVE research centre of excellence (Central and West African Virus Epidemiology for Food Security) and IRD (Institut de Recherche pour le Développement).

The RABIAS initiative follows on from the second edition of the International Certificate in Bioinformatics and Genomics (CIBiG) in West Africa and training in the HPC cluster for a group of system administrators from countries in the sub-region. The RABIAS network aims to bring together communities of bioinformaticians, system administrators and users in West Africa in order to promote the pooling of human and material resources and stimulate the development of skills among local research teams.

The meeting brought together key players in sequencing, bioinformatics and systems administration of computing resources in West Africa (Côte d'Ivoire, Burkina Faso, Benin, Nigeria, Togo, Chad, Democratic Republic of the Congo, Ghana, Guinea, and Niger), as well as representatives from the African Society for Bioinformatics and Computational Biology (ASBCB) and the Pan African Bioinformatics Network (H3ABioNet).

The three days alternated between presentations, feedback sessions and small group workshops to define needs, resources and strategic priorities. The scientific presentations provided an overview of research work in key areas such as human genomics, genomic surveillance of pathogens, plant pathology, antimicrobial resistance, and issues related to the deployment of distributed HPC infrastructures.

Feedback from invited French authorities

To illustrate the complexity of issues related to network development, the invited stakeholders shared their experiences regarding training, infrastructure and resource sharing (material and human). The IFB presented its structure as a federation of regional platforms and French node of the ELIXIR network, the organisation of its national network of digital resources (NNCR), and its continuing education and skills development activities. The University of Montpellier (UM) presented an overview of degree programmes in France, followed by a focus on its Master's degree in Bioinformatics, highlighting the contribution of new educational approaches from Montpellier Omics Days and the Bioinformatics Learning Lab. The SFBI presented its organisation and main missions, emphasising its interactions with other players in French bioinformatics and other international bioinformatics networks.

The discussions and workshops enabled participants to identify priorities and actions to be implemented for the development and maturation of the RABIAS network. At the end of the meeting, an inter-institutional and international steering committee was identified and working groups made up of participants committed to implementing the priority actions planned for 2026. This meeting laid the foundations for the network and demonstrated the community's dynamism and involvement in this initiative. See you at the next edition!

Enquête MERIT / SFBI sur les conditions de travail des bioinformaticiens.nes

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Maîtresse de conférence multi-facettes

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Le 18/12/2024

Carte d'identité:

Entretien

Quels sont vos domaines de recherche ou d’expertise ?

En tant que maîtresse de conférence, il y a deux volets à mon métier. Côté enseignement, j’ai une expertise pédagogique, à la fois en formation initiale pour les étudiant·es de mon établissement, mais aussi en formation continue. Je reste très motivée par le challenge d’enseigner la bioinformatique à un public issu de la biologie. Côté recherche, c’est en génomique !  Initialement en épigénomique, puis en transcriptomique. En rejoignant la plateforme GenomiqueENS, je me suis rapprochée des séquenceurs, et je reste encore aujourd’hui fascinée par ces machines et leur technologie.

En tant que responsable scientifique de cette plateforme, et comme une des directrices adjointes de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), mon expertise se situe autour du management, du pilotage stratégique, d’animation de réseau, et de représentation. Des activités dont je ne connaissais pas vraiment l’existence il y a encore quelques années !

Quel rôles exercez-vous ? Concrètement, en quoi cela consiste ?

Auprès des étudiant·es de l’ENS et des thésard·es que j’encadre, mon rôle est de les accompagner dans leurs apprentissages de la bioinformatique, en les suivant sur plusieurs années vers leur projet professionnel.

Au sein de la plateforme, mon rôle est d’assurer que l’équipe a tout ce qu’il faut pour mener leurs propres missions. J’apporte mon expertise scientifique pour nos projets de recherche et développement, basés sur les domaines d’expertises de nos ingénieur·es, en particulier la transcriptomique en lecture longue Nanopore.

Au sein de l’IFB, mon rôle est entre autres d’animer le réseau des plateformes, distribué sur toute la France.  Concrètement, j’organise des réunions, et beaucoup de visioconférences !

Collaborez-vous avec des biologistes ? Quel type de collaboration est-ce ?

La plateforme permet aux chercheurs de réaliser leurs projets de transcriptomique, de l’échantillon jusqu’à l’analyse bioinformatique et la publication des résultats. Notre équipe comporte donc des ingénieur·es biologistes en charge de la partie expérimentale, et des ingénieur·es  en bioinformatique. Collaborer avec des biologistes est donc au cœur même de notre organisation, et de nos activités avec les chercheurs.

Quel avenir imaginez-vous pour la bioinformatique ?

La bioinformatique n’échappe pas à la révolution qu’apporte l’intelligence artificielle. Dans les années à venir, le développement de nouvelles méthodes va être foisonnant ! Pour autant, l’accessibilité des outils bioinformatiques de pointe ne peut pas se restreindre aux seuls bioinformaticien·nes. Un des enjeux est d’assurer des interfaces adaptées aux biologistes, sur des infrastructures de calcul haute-performance. L’IFB joue un rôle clef en France sur ces aspects, et aussi pour former les biologistes à la bioinformatique, leur permettant ainsi de mieux communiquer avec les bioinformaticien·nes et de répondre à leurs questions biologiques. Enfin, un des enjeux de la bioinformatique est d’assurer la reproductibilité des analyses, la mise à disposition de données (vraiment) réutilisables, dans un contexte de science ouverte.

Votre message à destination des étudiants/jeunes bioinformaticien·nes ?

La communauté française en bioinformatique est vraiment dynamique et sympa. Ne restez pas seul·e dans votre coin ! Etape 1 : adhérez gratuitement à l’association Jebif, ils sont là pour vous donner plein de conseils et vous faire rencontrer d’autres jeunes bioinformacien·nes. Etape 2 : lisez le blog bioinfo-fr.net et découvrez leur canal discord. Etape 3 : élargissez encore un peu vos horizons en lisant la newsletter Les Bioinformations. Etape 4 : vous êtes en stage/thèse/contrat => rendez-vous à JOBIM, l'événement annuel de la bioinformatique piloté par la SFBI, pour y présenter vos travaux pour la première fois, et rencontrer la communauté. Etape 5 : envie de travailler avec d’autres bioinformaticien·nes ? Identifier les réseaux près de chez vous et les groupes de travail thématiques via le réseau métier MERIT.