Société Française de Bioinformatique

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Meeting of West African and French networks on bioinformatics

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From 15 to 17 December 2025, a delegation from the French Institute of Bioinformatics (IFB/ELIXIR-FR), the French Society of Bioinformatics (SFBI) and the University of Montpellier was invited to the launch of the West African Network of Bioinformaticians and System Administrators (RABIAS), organised by the WAVE research centre of excellence (Central and West African Virus Epidemiology for Food Security) and IRD (Institut de Recherche pour le Développement).

The RABIAS initiative follows on from the second edition of the International Certificate in Bioinformatics and Genomics (CIBiG) in West Africa and training in the HPC cluster for a group of system administrators from countries in the sub-region. The RABIAS network aims to bring together communities of bioinformaticians, system administrators and users in West Africa in order to promote the pooling of human and material resources and stimulate the development of skills among local research teams.

The meeting brought together key players in sequencing, bioinformatics and systems administration of computing resources in West Africa (Côte d'Ivoire, Burkina Faso, Benin, Nigeria, Togo, Chad, Democratic Republic of the Congo, Ghana, Guinea, and Niger), as well as representatives from the African Society for Bioinformatics and Computational Biology (ASBCB) and the Pan African Bioinformatics Network (H3ABioNet).

The three days alternated between presentations, feedback sessions and small group workshops to define needs, resources and strategic priorities. The scientific presentations provided an overview of research work in key areas such as human genomics, genomic surveillance of pathogens, plant pathology, antimicrobial resistance, and issues related to the deployment of distributed HPC infrastructures.

Feedback from invited French authorities

To illustrate the complexity of issues related to network development, the invited stakeholders shared their experiences regarding training, infrastructure and resource sharing (material and human). The IFB presented its structure as a federation of regional platforms and French node of the ELIXIR network, the organisation of its national network of digital resources (NNCR), and its continuing education and skills development activities. The University of Montpellier (UM) presented an overview of degree programmes in France, followed by a focus on its Master's degree in Bioinformatics, highlighting the contribution of new educational approaches from Montpellier Omics Days and the Bioinformatics Learning Lab. The SFBI presented its organisation and main missions, emphasising its interactions with other players in French bioinformatics and other international bioinformatics networks.

The discussions and workshops enabled participants to identify priorities and actions to be implemented for the development and maturation of the RABIAS network. At the end of the meeting, an inter-institutional and international steering committee was identified and working groups made up of participants committed to implementing the priority actions planned for 2026. This meeting laid the foundations for the network and demonstrated the community's dynamism and involvement in this initiative. See you at the next edition!

Tunetoo shop unavailable

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Please be advised that the SFBI Tunetoo shop has been deactivated for an indefinite period. The SFBI office has been trying to contact Tunetoo for several months now, but without success. Until we receive information from them regarding our shop, it will remain deactivated. We apologise for any inconvenience caused.

Maîtresse de conférence multi-facettes

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Le 18/12/2024

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Entretien

Quels sont vos domaines de recherche ou d’expertise ?

En tant que maîtresse de conférence, il y a deux volets à mon métier. Côté enseignement, j’ai une expertise pédagogique, à la fois en formation initiale pour les étudiant·es de mon établissement, mais aussi en formation continue. Je reste très motivée par le challenge d’enseigner la bioinformatique à un public issu de la biologie. Côté recherche, c’est en génomique !  Initialement en épigénomique, puis en transcriptomique. En rejoignant la plateforme GenomiqueENS, je me suis rapprochée des séquenceurs, et je reste encore aujourd’hui fascinée par ces machines et leur technologie.

En tant que responsable scientifique de cette plateforme, et comme une des directrices adjointes de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), mon expertise se situe autour du management, du pilotage stratégique, d’animation de réseau, et de représentation. Des activités dont je ne connaissais pas vraiment l’existence il y a encore quelques années !

Quel rôles exercez-vous ? Concrètement, en quoi cela consiste ?

Auprès des étudiant·es de l’ENS et des thésard·es que j’encadre, mon rôle est de les accompagner dans leurs apprentissages de la bioinformatique, en les suivant sur plusieurs années vers leur projet professionnel.

Au sein de la plateforme, mon rôle est d’assurer que l’équipe a tout ce qu’il faut pour mener leurs propres missions. J’apporte mon expertise scientifique pour nos projets de recherche et développement, basés sur les domaines d’expertises de nos ingénieur·es, en particulier la transcriptomique en lecture longue Nanopore.

Au sein de l’IFB, mon rôle est entre autres d’animer le réseau des plateformes, distribué sur toute la France.  Concrètement, j’organise des réunions, et beaucoup de visioconférences !

Collaborez-vous avec des biologistes ? Quel type de collaboration est-ce ?

La plateforme permet aux chercheurs de réaliser leurs projets de transcriptomique, de l’échantillon jusqu’à l’analyse bioinformatique et la publication des résultats. Notre équipe comporte donc des ingénieur·es biologistes en charge de la partie expérimentale, et des ingénieur·es  en bioinformatique. Collaborer avec des biologistes est donc au cœur même de notre organisation, et de nos activités avec les chercheurs.

Quel avenir imaginez-vous pour la bioinformatique ?

La bioinformatique n’échappe pas à la révolution qu’apporte l’intelligence artificielle. Dans les années à venir, le développement de nouvelles méthodes va être foisonnant ! Pour autant, l’accessibilité des outils bioinformatiques de pointe ne peut pas se restreindre aux seuls bioinformaticien·nes. Un des enjeux est d’assurer des interfaces adaptées aux biologistes, sur des infrastructures de calcul haute-performance. L’IFB joue un rôle clef en France sur ces aspects, et aussi pour former les biologistes à la bioinformatique, leur permettant ainsi de mieux communiquer avec les bioinformaticien·nes et de répondre à leurs questions biologiques. Enfin, un des enjeux de la bioinformatique est d’assurer la reproductibilité des analyses, la mise à disposition de données (vraiment) réutilisables, dans un contexte de science ouverte.

Votre message à destination des étudiants/jeunes bioinformaticien·nes ?

La communauté française en bioinformatique est vraiment dynamique et sympa. Ne restez pas seul·e dans votre coin ! Etape 1 : adhérez gratuitement à l’association Jebif, ils sont là pour vous donner plein de conseils et vous faire rencontrer d’autres jeunes bioinformacien·nes. Etape 2 : lisez le blog bioinfo-fr.net et découvrez leur canal discord. Etape 3 : élargissez encore un peu vos horizons en lisant la newsletter Les Bioinformations. Etape 4 : vous êtes en stage/thèse/contrat => rendez-vous à JOBIM, l'événement annuel de la bioinformatique piloté par la SFBI, pour y présenter vos travaux pour la première fois, et rencontrer la communauté. Etape 5 : envie de travailler avec d’autres bioinformaticien·nes ? Identifier les réseaux près de chez vous et les groupes de travail thématiques via le réseau métier MERIT.

Interview Anne Goelzer et Nadia Bessoltane

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Bioinformatique et Mathématiques: outils complémentaires pour explorer la biologie des systèmes

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Entretien

Comment a débuté votre collaboration ?

A INRAE mais aussi dans d’autres instituts, il existe des structures appelées CATI pour Centre Automatisé de Traitement de l’Information. Ce sont des lieux de production informatique ou de services en soutien à une communauté scientifique ciblée. En 2019, Anne a participé au montage du CATI SysMics (Systems Biology for Omics) autour des approches de biologie des systèmes pour l’analyse intégrative de données multi-”omiques”. Nadia a rejoint ce dernier afin de travailler sur le déploiement de méthodes statistiques exploitant des données “omiques” hétérogènes à l’aide des processus biologiques. C’est dans ce cadre que les premiers échanges entre Anne et Nadia ont eu lieu. Les premiers travaux conjoints et plus concrets ont émergé en 2021. Cette année (2024), Nadia a décidé de débuter une thèse et Anne fera partie de ses encadrants.

Quelle est la question scientifique vous ayant mené à collaborer ensemble ?

Anne et quelques équipes de l’IJPB s'intéressent à la modélisation multi-échelle des plantes intégrant des informations au niveau cellulaire, multi-cellulaire, tissulaire dans le but de mieux prédire les phénotypes de plantes en fonction des stades d'évolution ou des conditions environnementales (conditions normales qui vont servir de contrôle et conditions environnementales contraintes telles que des stress hydriques, des stress azotés et la combinaison des deux). Un des aspects de cette recherche consiste à analyser les données “omiques” générées dans ce cadre, dans le but de les intégrer entre elles et avec les informations fonctionnelles. C'est dans ce cadre que Nadia intervient avec ses collègues : Delphine Charif, bioinformaticienne et Audrey Hulot, statisticienne.

Quels sont vos domaines de recherche / d'expertise ?

Anne travaille sur la modélisation de cellules, en particulier leurs réseaux métaboliques par des approches déterministes. Elle travaille également sur l’intégration de données à travers les modèles (estimation de paramètres des modèles par exemple). Anne a initialement travaillé sur les bactéries et transite vers les plantes depuis quelques années. Elle modélise des populations de cellules de différents tissus de plantes afin de les interconnecter pour aller jusqu’à la modélisation de la plante entière.

Nadia est spécialiste dans l'analyse de données issues de séquençage haut-débit, notamment RNA-seq, DNA-seq ainsi que les données protéomique et métabolomique. Elle effectue ces analyses dans le but d'extraire et de combiner un maximum d'informations qu'elle enrichit par la suite grâce aux nombreuses bases de connaissances biologiques.

Quel type de travaux effectuez-vous dans le cadre de votre collaboration ?

Tout d'abord, pour situer le contexte, cette question scientifique a été abordée dans le cadre d'un premier projet exploratoire financé par l’INRAE, puis est maintenant approfondie dans un projet ANR multidisciplinaire regroupant des experts en biologie (IJPB, IPSiM), mathématiques (MaIAGE, MICS) et bioinformatique (IJPB, MaIAGE). Les objectifs de ce projet consistent à mieux comprendre la stratégie d’allocation de ressources de la plante Arabidopsis thaliana en combinant modélisation mathématique multi-échelle et expériences biologiques. En particulier, il s’agit de construire des modèles quantitatifs de plantes entières, de les valider expérimentalement, mais aussi de développer les outils logiciels et les algorithmes nécessaires à leur génération, calibration et simulation. Ce projet implique donc des échanges fréquents entre Anne et les expérimentalistes afin de définir le plan expérimental adéquat pour remplir les objectifs scientifiques et acquérir les données expérimentales pour la calibration et la validation du modèle. 

Dans ce cadre, Anne construit, calibre et valide des modèles quantitatifs intégrant une reconstruction détaillée des processus cellulaires à partir de l’analyse de la littérature et de discussions avec des experts de l'organisme "modèle”. Les modèles représentent le fonctionnement de l'organisme et permettent ainsi la prédiction de leur phénotype (flux, concentrations de protéines, vitesse de croissance) dans une condition expérimentale donnée, et sont spécialisés par type de tissus (c'est-à-dire spécifier les processus par type de tissus ou par type de population de cellules en extrayant de l’information dans des bases de données par exemple, afin de trouver des gènes qui vont coder pour certains types de réactions). 

Nadia est impliquée à plusieurs niveaux du projet tout d'abord en mettant en place les pipelines pour spécialiser les modèles en utilisant les données “omiques”. Elle travaille également à l'alignement des informations extraites sur des graphes de connaissances permettant de faire ressortir des traits pertinents non identifiés par l'utilisation des méthodes statistiques "classiques". Aussi, l'analyse et l'intégration de données multi-”omiques” (RNA-seq, métabolomique, protéomique) vont permettre une interprétation plus approfondie pour des conditions expérimentales données.

Votre environnement de travail est-il majoritairement formé de bioinformaticien·ne·s, de biologistes ou est-ce en proportion équivalente ? Est-ce une équipe plateforme, une équipe de recherche ou autre ?

Nadia travaille au sein d’une équipe proposant des services en bioinformatique. Elle travaille étroitement avec une collègue bioinformaticienne ayant le même profil qu’elle, Delphine Charif et une autre collègue statisticienne, Audrey Hulot. Elles interagissent beaucoup avec les autres équipes de recherche de l’Institut afin de leur apporter leur aide sur le volet bioinformatique dans le cadre de leurs projets de recherche.

Anne est quant à elle rattachée à une équipe de recherche, en région parisienne, spécialisée en biologie des systèmes travaillant sur des approches déterministes. Cette équipe est principalement composée de mathématiciens. Anne est en détachement au sein d’une équipe de recherche toulousaine depuis plusieurs mois, qui est composée d’informaticiens, de bioinformaticiens et de statisticiens travaillant sur des méthodes statistiques en lien avec l’Intelligence Artificielle.

Quelle est la clé pour des échanges facilités ?

Au début de cette collaboration, les échanges n’étaient pas si évidents car chaque collaborateur utilisait un vocabulaire différent, propre à son domaine de compétences. Par exemple, le terme “modèle” n’a pas le même sens pour un modélisateur, un statisticien et un bioinformaticien. Selon Anne, qui a l’habitude de travailler à l’interface de diverses disciplines depuis plusieurs années, la clé est de clarifier le vocabulaire assez tôt lors des échanges. De plus, il lui semble essentiel de s’intéresser aux questions de l’autre discipline, de rendre intelligibles ses propres questions d'intérêt aux non-spécialistes (les questions de biologistes doivent être compréhensibles -et intéressantes- pour les matheux, et inversement), et par conséquent d’être prêt à investir du temps afin de bien comprendre les avantages et limites des approches de chacun. L’idée est d’être capable de faire progresser simultanément les questions des deux disciplines, et d’éviter qu’une discipline ne soit qu’au service de l’autre.

Leurs messages

Informez-vous bien sur les divers cursus en bioinformatique proposés par les différentes structures d’enseignement. Faites bien la différence entre un diplôme en biologie avec des notions abordées en bioinformatique et un diplôme complet en bioinformatique, les notions abordées ne seront pas autant approfondies dans les deux cas. Montrez également un intérêt pour le développement de méthodes et les nouveautés !

En effet, soyez curieux et restez ouverts. Soyez sensibles à d’autres disciplines que la vôtre. N’ayez pas peur des mathématiques ! Un peu de culture en mathématiques vous permettra de mieux appréhender certains challenges et de favoriser les échanges avec vos collaborateurs dans certains projets.

Boutique de goodies de la SFBI

Publié le , dernière mise à jour le

Nous avons le plaisir de vous annoncer l’ouverture de la boutique officielle de goodies SFBI (https://sfbi.tunetoo.com/).

Vous y trouverez des tee-shirts, des sweat-shirts, des casquettes, des mugs, … avec les nouveaux visuels SFBI mais également les “anciens”. De nombreux modèles sont disponibles (avec le visuel sur le devant ou dans le dos) ainsi que différentes couleurs. Nous espérons que vous trouverez votre bonheur.

Nous en profitons pour remercier l’ensemble des participants au concours de visuels et féliciter une nouvelle fois les trois gagnants : Elisabeth Hellec, Céline Chantry-Darmon et Cyprien Guérin.

N’hésitez pas à partager l’information autour de vous et à faire des commandes groupées dans vos labos. On compte sur vous pour nous donner vos impressions et partager vos objets/visuels favoris sur les réseaux (X ; BlueSky ; LinkedIn).