Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

bioinformatique metabarcoding

Description

Bioinformaticien.ne : Optimisation d’un pipeline en metabarcoding pour la caractérisation moléculaire de macro-organismes

Vous rejoindrez la plateforme IDMABIO de l’unité Institut Sophia Agrobiotech (ISA), dédiée au développement de méthodes de caractérisation moléculaire pour la lutte biologique. La plateforme propose plusieurs services : barcoding ADN, génotypage de microsatellites, amplification par amorces spécifiques. Ces travaux sont menés en collaboration étroite avec le plateau Bioinformatique et Génomique (BIG) de l’unité.
Dans le cadre du développement du service de caractérisation moléculaire des macro-organismes, nous recherchons un·e bioinformaticien·ne pour optimiser un pipeline d’analyse de métagénomique ciblée.

• Environnement de travail, missions et activités

1. Optimiser et automatiser le pipeline d’assignation taxonomique existant, basé sur des données de métabarcoding (COI). L’étape de démultiplexage devra faire l’objet d’un développement dédié.
2. Développer une interface conviviale et accessible pour les utilisateurs non bioinformaticiens de la plateforme.
3. Automatiser la génération de rapports d’analyse pour standardiser et simplifier l’interprétation des résultats.

• Formation et compétences recherchées

Formation : Master 2 ou expérience équivalente en bioinformatique
Compétences :
• Expérience en analyse de données de séquençage haut débit, idéalement en métabarcoding (16S, ITS, COI, etc.)
• Connaissance des outils bioinformatiques standards du domaine : DADA2, QIIME2, BLAST, etc.
• Langages de programmation : Python, R, Bash.
• Bonne connaissance des environnements Linux, des outils de gestion de versions (Git), et des workflows (Snakemake, Nextflow).
Qualités personnelles :
• Autonomie et sens de l’initiative
• Bonnes capacités de communication et d’écoute
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire (bioinformatique, génétique, biologie moléculaire)