Mots-Clés
analyse de séquences
pipeline d'analyse
évolution moléculaire
annotation des génomes
bases de données
Description
Missions
Evolution d’enzymes bioénergétiques : développement d’outils d’analyse de séquences et de co-évolution
Vous intégrerez le groupe compBio@TrEE au laboratoire TIMC de Grenoble (voir contexte) en qualité d’Ingénieur d’Étude au CNRS pour contribuer à deux missions principales :
• mettre en place la pipeline d’analyse d’enzymes de la chaîne de transferts d’électrons dans le cadre du projet ANR ADAPT2Q
• gérer et maintenir les données de génomes utilisées par l’équipe et participer ponctuellement à la mise en place de travaux en groupe au sein de l’équipe
Activités
Dans le cadre du projet collaboratif ADAPT2Q financé par l’Agence Nationale de la Recherche impliquant l’équipe TrEE du laboratoire TIMC (Grenoble, lieu du recrutement), le laboratoire BIP (Marseille) et le laboratoire LCB (Marseille), nous proposons un contrat d’Ingénieur d’Étude CNRS en bioinformatique de 22 mois. Pour contribuer aux deux missions principales, les activités principales à réaliser seront les suivantes :
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Mise en place de la pipeline d’analyse d’enzymes
• collecte de séquences des enzymes d’intérêt auprès de nos collaborateurs
• mise en place d’une pipeline d’analyse des séquences protéiques de ces enzymes en plusieurs étapes :
o création et validation de profils HMM pour l’annotation de ces enzymes dans les génomes des bases de données
o annotation des génomes et recueil des séquences d’intérêt
o analyse de séquences (coévolution, clustering, alignement multiple)
o “mapping” de résultats sur la structure 3D des enzymes
o construction de phylogénie des enzymes
o traitement joint des données de phylogénie, de coévolution, de taxonomie et du type de quinones produites (annotations déjà disponibles)
o communication de l’avancée du projet et des résultats obtenus (création de figures sur la base des résultats, de rapports explicatifs et de présentations pour l’équipe et les collaborateurs)
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Gestion de ressources partagées du groupe compBio@TrEE
• assurer la mise à jour et la maintenance de scripts Python et snakemake pour le téléchargement et l’homogénéisation de données de génomes publics ou privés utilisées par le groupe et pour le projet ADAPT2Q
• assurer la mise en place technique d’évènements ponctuels de l’équipe (“peer programming” et retraite bioinformatique) : recueil et mise en forme des données
• création de notices techniques et documentation en lien avec les ressources partagées (bases de données et serveurs de calcul)
• formation des membres du groupe aux bonnes pratiques mises en place dans l’équipe
Compétences attendues
Nous recherchons un(e) candidat(e) formé en bioinformatique et en biologie muni des compétences pour le développement de pipelines d’analyses de données biologiques massives.
Plus précisément, les compétences requises sont :
• bioinformatique et analyse de séquences
• langage Python
• scripting en bash/shell
• utilisation d’un environnement Linux
• utilisation de Git et github/gitlab,
• utilisation d’un serveur de calcul informatique
Des notions de biologie structurale/ biochimie seraient un plus, ainsi qu’un intérêt pour l’évolution des fonctions biologiques.
Contexte de travail
Vous rejoindrez l’équipe TrEE, une équipe interdisciplinaire regroupant des biochimistes, des biophysiciens, des microbiologistes moléculaires, des biostatisticiens et des bioinformaticiens, avec un intérêt commun pour l’évolution microbienne.
Le groupe de biologie computationnelle (compBio@TrEE) est constitué de trois chercheurs, deux post-docs et huit doctorants.
Vous travaillerez au sein du laboratoire TIMC (Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité), une unité mixte de recherche interdisciplinaire (CNRS, UGA, G-INP, VetAgro Sup) qui regroupe près de 300 membres, dont 70 doctorants, répartis en 10 équipes. Situé sur l’espace santé du CHU de Grenoble, le laboratoire vous offre un contexte de travail scientifique stimulant et un cadre de vie agréable, entouré de montagnes !
Le laboratoire est situé sur le campus de La Tronche, à proximité immédiate de Grenoble (Tram B) et facilement accessible en vélo.
Contexte scientifique du projet ADAPT2Q
La disponibilité des molécules permettant de produire de l’énergie cellulaire a évolué au cours de l’histoire de la Terre. Les chaînes de transport d’électrons (CTE) se sont ainsi adaptées aux différents donneurs et accepteurs d’électrons disponibles. En particulier, les enzymes de la CTE se sont adaptées à différentes quinones - de petites molécules impliquées dans le transport d’électrons entre les enzymes de la CTE. L’objectif principal du projet ADAPT2Q est de comprendre l’adaptation des enzymes de la CTE à la variété de quinones que l’on trouve dans l’arbre de la vie.