Mots-Clés

data management Institut Pasteur Données multi-modales santé publique Données omics génétique environnement système immunitaire Labex Milieu Interieur

Description

Missions/Activités

🔬L’Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans.
Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l’Institut Pasteur.

Le projet Milieu Intérieur (http://www.milieuinterieur.fr/fr) est une étude de cohorte ambitieuse visant à analyser l’impact de la génétique et de l’environnement, ainsi que leurs interactions, sur le système immunitaire humain. Ses objectifs sont d’établir une compréhension approfondie de la variation immunitaire dans la population générale, et de déterminer le rôle de la génétique, du vieillissement, de la consommation de tabac, ou du microbiote dans la régulation des programmes immunitaires. La ou le data manager traitera et gérera le cycle de vie de grands ensembles de données biologiques (génomes humains, transcriptomes, epigénomes, microbiomes, etc.) et développera des outils facilitant l’accès aux données pour le projet. Il, elle sera rattaché·e à la Plateforme de Data Management de l’Institut Pasteur qui regroupe 9 data managers et 2 data stewards.

🎯 Plus précisément, la ou le candidat.e sera en charge de :
- la gestion de multiples données “omics” générées par le Consortium Milieu Intérieur, en collaboration avec les coordonnateurs et bioinformaticien·ne·s du Consortium
- le développement d’outils en ligne permettant d’explorer les résultats résumés du Milieu Intérieur, afin de promouvoir la science ouverte
- la préparation des jeux de données documentés en vue de leur partage avec des laboratoires extérieurs, afin de promouvoir la reproductibilité de la science
- le dépôt de l’ensemble des données “omics” sur Owey, le datalake de l’Institut Pasteur

Nous recherchons un.e candidat·e qui aime coder, structurer, organiser des gros volumes de données type Big Data. Des connaissances en génétique ou en biologie seraient un plus.
Profil

• Diplôme : niveau Master en bio-informatique
• Expérience : minimum 3 ans d’expérience
• Maîtrise de l’anglais, niveau B2.
• Maîtrise des langages de programmation (R, Python, SQL, Unix shell…), une expérience en HPC (Calcul à Haute Performance) serait appréciée
• Maitrise des bonnes pratiques de gestion de grands ensembles de données
• Compétence dans le traitement de grands ensembles de données
• Grande capacité à travailler en équipe et à centraliser l’information (milieu très collaboratif)
• Bonne communication avec les membres de l’équipe

✅ Vos conditions et environnement de travail :

• Politique de congés et RTT très favorable (Forfait 204 jours)
• Possibilité de télétravail
• Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport
• Cantine d’entreprise, restaurant, cafétérias
• Mutuelle familiale (gratuité conjoints/enfants) et service de santé pour les collaborateurs sur le campus
• Salles de sports, 30 activités culturelles/artistiques/sportives sur le campus
• Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées
• Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus)

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