Mots-Clés
Bioinformatique structurale
Interactomique
Modélisation
AlphaPulldown
Développement
HPC
Description
Contexte général
Le candidat rejoindra la plateforme RPBS, une infrastructure technologique intégrée à l’Université Paris Cité spécialisée dans la modélisation structurale des systèmes biologiques. Ce recrutement s’inscrit dans le cadre du projet FORMULA, financé par l’Initiative d’Excellence IdEx de l’Université Paris Cité.
FORMULA explore la dynamique et l’organisation multi-échelle du vivant via des approches interdisciplinaires combinant biologie, physique, bioinformatique, bioingénierie et imagerie. Il regroupe plusieurs unités de recherche (Institut Jacques Monod, Institut Pasteur, etc.) et plateformes (ImagoSeine, ProtéoSeine, RPBS).
Au sein de RPBS, le travail portera sur l’axe interactomique du projet : modélisation des réseaux d’interactions protéiques (PPI) à partir de données expérimentales, pour comprendre l’organisation et la dynamique d’assemblages protéiques complexes.
Missions
Concevoir une stratégie bioinformatique de modélisation des réseaux PPI à partir de données expérimentales (ex. TurboID), en combinant outils structuraux (AlphaPulldown, Proteo3Dnet) et méthodes de filtrage rationnel. Assurer la robustesse scientifique et technique du pipeline, et faire le lien entre les partenaires biologiques et computationnels.
Activités
- Développement d’un pipeline pour la prédiction de PPI à partir de données de proximity labeling / spectrométrie de masse
- Veille technologique sur les méthodes d’interactomique structurale
- Intégration d’outils de modélisation à grande échelle comme AlphaPulldown
- Développement de méthodes de filtrage amont (interologues, domaines, bases PPI)
- Construction de jeux de données de référence pour évaluation comparative
- Analyse et interprétation des résultats avec les équipes biologiques
- Optimisation des ressources de calcul (GPU, partitionnement, outils accélérés)
- Documentation, traçabilité, reproductibilité (scripts, versions)
Compétences et connaissances attendues
Compétences techniques spécifiques :
- Bioinformatique structurale (AlphaFold, AlphaPulldown, MMseqs2, Foldseek…)
- Développement de méthodes et outils bioinformatiques
- Environnement UNIX/Linux
- Programmation Python et Bash
- Git, Docker/Apptainer
- HPC et ordonnancement (Slurm)
Compétences appréciées :
- Machine learning pour données biologiques
- Alignements multiples (MSA)
- Évaluation de performances (benchmark, stats, visualisation)
Compétences transversales :
- Interaction avec utilisateurs non-spécialistes
- Curiosité, autonomie, rigueur
- Valorisation du travail (rapports, publications, présentations)
- Maîtrise de l’anglais scientifique
Profil souhaité
- Doctorat en sciences de la vie, bioinformatique ou disciplines connexes
- 3 ans d’expérience incluant du développement d’outils bioinformatiques
Localisation
Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale (RPBS)
Bâtiment Lamarck A
35 rue Hélène Brion
75013 Paris
(Campus des Grands Moulins, Université Paris Cité)
Modalités du recrutement
- Date de début de contrat souhaitée : octobre 2025
- Durée du contrat : 18 mois, renouvelable jusqu’à 36 mois (à confirmer selon l’évolution du projet)
- Type de contrat : CDD – projet IdEx (FORMULA, Université Paris Cité)
- Rémunération : selon grille fonction publique, selon profil et expérience (catégorie A – ingénieur de recherche avec doctorat et ≥ 3 ans d’expérience)