Mots-Clés
omics
single-cell
scRNA-seq
cancer
hématopoïèse
lymphome
RNA-seq
NGS
génomique
transcriptomique
épigénomique
multi-omique
Description
L’Institut Gustave Roussy, premier centre européen de lutte contre le cancer, est un institut de soins, de recherche et d’enseignement, qui prend en charge des patients atteints de tout type de cancer, à tout âge de la vie. Il intègre à la fois des activités de recherche fondamentale, de recherche translationnelle et de recherche clinique, sources d’innovations thérapeutiques et d’avancées diagnostiques. Gustave Roussy axe principalement ses travaux de recherche autour de la médecine personnalisée, de l’immunothérapie et de la réparation de l’ADN, ce qui fait de lui aujourd’hui le 1er centre européen de médecine personnalisée et d’immunothérapie.
L’Unité U1170 INSERM est localisée à Gustave Roussy, un site dynamique hébergeant l’IHU PRISM, un programme de recherche translationnelle intégrative dont l’objectif est de mieux comprendre la biologie du cancer de chaque patient pour en réduire la mortalité, et le Paris Saclay Cancer Cluster (PSCC) qui joue un rôle de catalyseur de l’innovation et de la collaboration dans le domaine de l’oncologie. Ces structures rassemblent, entre autres, l’université Paris Saclay, Centrale-Supelec, Sanofi et l’INSERM.
L’Unité U1170 « Contrôle transcriptionnel et épigénétique de l’hématopoïèse maligne » dirigée par Olivier Bernard développe une partie de son activité de recherche dans l’analyse de données de génomique, d’échantillons primaires et de modèles animaux. L’équipe recherche un ingénieur en bio-informatique pour réaliser ces analyses.
Malgré les avancées thérapeutiques, une fraction des cancers est difficile à traiter ou rechute. Nous cherchons à mieux caractériser les cellules tumorales dans leurs caractéristiques génétique et épigénique et à combiner ces approches avec une modélisation animale. Nous étudions essentiellement les hémopathies lymphoïdes-B matures
Pour cela, nous réalisons diverses analyses NGS (RNA-seq (single-cell et bulk), ATAC-seq, CUT&TAG, ChIP-seq, whole genome) sur des échantillons humains et murins et nous en intégrons les données.
Finalités principales :
- Assurer l’analyse de données issues d’échantillons primaires de patients souffrant de lymphomes diffus à grandes cellules (DLBCL), de maladie de Waldenström, et d’autres hémopathies, ainsi que des échantillons de modèles animaux ou cellulaires reproduisant des hémopathies humaines, dans l’U1170 et en lien avec le département d’Hématologie et le laboratoire de RT.
- Analyser les données disponibles dans les banques de données (EGA, TCGA, ICGC).
- Intégrer l’ensemble des données pour leur donner un sens biologique.
- Déployer les programmes d’analyse appropriés (DNA-seq, RNA-seq, single cell, ATAC-seq, CUT&TAG, Chip-seq).
- Assurer une veille technologique des méthodologies liées aux données de séquençage afin de proposer les méthodes à la pointe de l’innovation.
- Participer à l’intégration et à la validation de nouveaux protocoles de traitements de données de séquençage, incluant le suivi qualité.
- Travailler en étroite collaboration avec les biologistes de l’équipe et les membres de la plateforme de bioinformatique.
- Participer et présenter ses travaux aux réunions du groupe et lors de réunions au sein de l’IGR.
- Contribuer à la production scientifique par la génération de résultats de qualité.
Compétences et qualités requises :
Le poste nécessite :
- Une maîtrise de différents langages de programmation (Bash, R, Python) ainsi que l’utilisation d’outils de containeurisation (Conda, singularity) au sein d’un cluster de calcul type HPC) et de gestionnaires de workflow (snakemake et/ou nextflow).
- Une expérience en analyse et traitement des données de type OMICS (bulk RNA-seq et single-cell RNA-Seq, DNA-seq, ATAC-seq, CUT&TAG, ChIP-seq)
- Des connaissances en biostatistique pour une interprétation éclairée des résultats.
- Des compétences en communication et gestion de projet.
- La maitrise de l’anglais pour l’utilisation de documents de travail, la contribution à la rédaction d’articles scientifiques, et la communication orale (niveau B2 minimum).
- Une capacité à œuvrer en équipe et à maintenir de bonnes relations avec l’ensemble de l’équipe et des acteurs de l’institut.
- Une adaptation à l’évolution des techniques et une force de proposition.
- Le respect du secret médical, du cadre légal et déontologique de la recherche translationnelle et de la discrétion professionnelle.
- Contribution à la rédaction d’articles scientifiques.
- Une expérience en laboratoire d’oncologie et/ ou d’hématologie serait appréciée.
Diplôme souhaité :
- Thèse
- Master en bio-informatique avec 3 ans d’expérience
Autres qualités souhaitées :
- investissement
- dynamisme
- rigueur
- autonomie
- travail en équipe
Informations sur le contrat :
Type de contrat : CDD
Date de démarrage : dès que possible
Durée du contrat : 24 mois
Temps de travail : Temps complet – forfait jour
Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport à 70%, mutuelle d’entreprise
Rémunération : suivra les règles du Centre de Recherche et dépendra de l’expérience des candidats.
Contact :
olivier.bernard@gustaveroussy.fr