Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Immunologie amylose apprentissage automatique

Description

Ce poste s’inscrit dans le cadre d’un projet de recherche translationnelle mené au sein du laboratoire d’Immunologie du CHU de Limoges, en lien avec le Centre National de Référence (CNR) Amyloses AL et l’équipe BioPic (Biology of Plasma cells, Immunopathology and Cancer).

L’objectif principal est de développer un outil d’apprentissage automatique permettant de prédire le potentiel amyloïdogène des chaînes légères d’immunoglobulines à partir de leur séquence. Ce projet s’inscrit dans une dynamique de collaboration étroite entre bioinformaticiens, médecins, biologistes et chercheurs, dans un environnement médical et scientifique. Le ou la candidat(e) devra faire preuve de bonnes capacités de communication et de vulgarisation afin de faciliter les échanges au sein de cette équipe pluridisciplinaire.

Missions principales :

• Participation au développement d’un modèle prédictif basé sur l’apprentissage automatique pour la prédiction de l’amyloïdogénicité des chaînes légères d’immunoglobulines
• Participation à l’analyse, la contextualisation et l’interprétation de données de séquençage haut débit (NGS) et/ou de spectrométrie de masse (MS)
• Échanges réguliers avec les utilisateurs finaux (biologistes, cliniciens, chercheurs) pour la définition des besoins et la présentation des résultats
• Conception et développement logiciel dans un souci d’intégration locale et de respect des bonnes pratiques (versioning, documentation, reproductibilité).
• Participation à la rédaction de rapports d’analyse, de documents scientifiques ou de supports de communication
• Reporting selon la demande du Responsable fonctionnel.

Missions secondaires :

• Développement éventuel d’une interface Web légère (optionnel, selon l’appétence du candidat) pour la diffusion de l’outil.
• Collaboration possible sur d’autres projets bioinformatiques en lien avec le CNR Amyloses AL, selon les besoins de l’équipe.

Formations – Qualifications (Savoir) :

• Diplôme d’ingénieur ou Master 2 en bioinformatique, data science, ou informatique avec une spécialisation en bioinformatique.

Compétences attendues :

• Maîtrise de Python (et/ou R) et des bibliothèques de machine learning (scikit-learn, XGBoost, etc.)
• Bonne maîtrise de l’analyse de données biologiques, idéalement issues du séquençage à haut débit
• Capacité à travailler en collaboration étroite avec des équipes pluridisciplinaires
• Bonne capacité de vulgarisation et de communication dans un environnement médical.

Compétences complémentaires appréciées :

• Développement d’interfaces Web (Flask, Streamlit ou équivalent)
• Connaissances en immunologie
• Utilisation des outils Git/GitLab
• Familiarité avec les clusters de calcul, l’environnement Linux, ou la gestion de bases de données
• Participation à des projets en bioinformatique appliquée au diagnostic ou à la recherche biomédicale.

Qualités professionnelles :

• Rigueur, autonomie, sens de l’organisation.
• Bonnes capacités de communication et de vulgarisation de la bioinformatique
• Respect strict du secret professionnel (données de santé à caractère personnel particulièrement sensibles)
• Respect de l’éthique, de la réglementation en vigueur et des bonnes pratiques du métier
• Aptitude au travail en réseau avec divers interlocuteurs.

Qualités personnelles (Savoir-être) :

• Dynamisme
• Qualités relationnelles, retenue, diplomatie, discrétion.