Mots-Clés
santé animale
surveillance syndromique
épidémiologie
séries temporelles
Description
Contexte et enjeux
L’essor de l’élevage de précision permet aujourd’hui de collecter en continu des données comportementales (rumination, ingestion, temps debout/couché, etc.) grâce à des capteurs tels que les accéléromètres. Ces données, utilisées principalement pour le suivi individuel du bien-être animal et la gestion de l’élevage, pourraient également être mobilisées pour développer un système de surveillance syndromique, qui permettrait l’identification de déviations précoces dans les élevages, associées à des événements sanitaires.
Dans le cadre du projet HODAS financé par le PEPR PREZODE, l’objectif est de tester si les données comportementales issues d’accéléromètres peuvent contribuer à la détection précoce de maladies émergentes, au-delà des maladies connues et des événements sanitaires déjà surveillés en routine. Ces signaux comportementaux faibles, repérés avant même l’apparition de signes cliniques ou d’augmentation de mortalité, pourraient renforcer les dispositifs d’alerte sanitaire et limiter l’impact d’épizooties d’ampleur.
Le travail se fera en étroite collaboration avec l’unité BIOEPAR d’Oniris et l’UMR EPIA (INRAE, VetAgro Sup), qui exploiteront en parallèle des données de production laitière et de reproduction, afin de comparer et combiner les informations fournies par ces différentes sources de données.
Objectif et étapes
Le stagiaire travaillera sur les données de télémétrie issues des colliers déployés dans plus de 300 élevages bovins laitiers en Bretagne sur une période de 10 ans. Le travail s’articulera autour des étapes suivantes :
• Recherche et analyse de littérature sur l’utilisation de données issues d’accéléromètres pour le suivi de la santé animale
• Nettoyage des données brutes et création d’indicateurs à partir des informations enregistrées par les accéléromètres (rumination, ingestion, activité debout/couché).
• Construire et analyser des séries temporelles à partir d’indicateurs créés
• Quantifier la variabilité de ces indicateurs selon les facteurs individuels (âge, stade physiologique, parité), les caractéristiques du troupeau (taille, mode de conduite) et les facteurs saisonniers (climat, alimentation).
• Définir des périodes de référence associées à des événements sanitaires spécifiques, tels que des maladies individuelles ou traitements enregistrées par l’éleveur ou l’apparition de maladies dans le troupeau.
• Appliquer et comparer différentes méthodes de détection d’anomalies afin d’évaluer leur sensibilité, spécificité et précocité pour l’identification de signaux potentiellement liés à des émergences, par exemple de nouvelles infections virales, de syndromes respiratoires ou de changements anormaux dans le comportement collectif.
• Rédiger un rapport de stage
Profil recherché
Diplôme en cours Master 2 en biostatistique, épidémiologie, data science / science des données, statistiques, maths appliqués, écologie, ou équivalent (Ecole d’ingénieur par exemple).
Compétences recherchées
● Compétences solides et avérées en programmation R et en modélisation
● Connaissance sur la modélisation de séries temporelles et les algorithmes de détection d’anomalies appréciée
● Intérêt pour la surveillance en santé animale
● Une compréhension des indicateurs zootechniques et épidémiologiques relatifs à la gestion des troupeaux laitiers constitue un atout
● Maitrise de l’anglais scientifique
● Capacité à travailler en équipe et à communiquer efficacement les résultats
● Compétences rédactionnelles, capacité d’écoute et d’initiative
Équipe et encadrement
Le stage se déroulera à l’Anses, laboratoire de Lyon (69007), au sein de l’unité Epidémiologie et appui à la surveillance (EAS).
L’Anses assure des missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être des animaux, et la santé végétale. Elle offre une lecture transversale des questions sanitaires et appréhende ainsi, de manière globale, les expositions auxquelles l’Homme peut être soumis à travers ses modes de vie et de consommation ou les caractéristiques de son environnement, y compris professionnel.
L’unité EAS est composée d’une vingtaine d’agents et de doctorants. Ses missions sont dédiées à la recherche et à l’appui à la surveillance en santé animale, en sécurité sanitaire des aliments et en santé végétale. Les missions d’appui scientifique et technique aux réseaux et plateformes de surveillance incluent des activités i) de conception, de coordination et d’évaluation de systèmes de surveillance, ii) de veille sanitaire, et iii) de gestion, d’analyse et de valorisation des données. Les travaux de recherche en épidémiologie et en surveillance portent sur les déterminants de l’état de santé des populations, l’amélioration des méthodes de surveillance (syndromique, basée sur le risque, intégrée / One Health) et l’évaluation de l’efficience des mesures de surveillance, de prévention et de lutte. L’unité est également fortement impliquée dans la rédaction et l’édition du Bulletin épidémiologique santé animale – alimentation. L’unité intervient en appui transversal aux unités du laboratoire de Lyon, aux autres laboratoires et entités de l’Anses et aux Plateformes nationales d’épidémiosurveillance.
L’encadrement sera assuré par Julie Shapiro, chercheuse en épidémiologie animale (Anses Lyon-EAS), en collaboration avec Thibaut Lurier de l’UMR EPIA et Aurélien Madouasse de l’unité BIOEPAR.
Informations pratiques
Le stage pourra démarrer entre décembre 2025 et mars 2026 pour une durée de 5 à 6 mois selon les disponibilités du stagiaire. Le stagiaire bénéficiera d’une gratification, d’un accès au restaurant d’entreprise et d’une prise en charge partielle pour ses trajets du titre d’abonnement entre sa résidence et le laboratoire Anses de Lyon.
Candidatures
Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à envoyer avant le 31 octobre 2025 à : julie.shapiro@anses.fr, thibaut.lurier@vetagro-sup.fr et aurelien.madouasse@oniris-nantes.fr