Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

PPI AlphaFold Screening in silico

Description

Titre du sujet de stage :
Détection d’interactions protéine-protéine pour l’identification d’effecteurs bactériens par screening in silico.

Présentation du stage :
Les interactions protéine-protéine (IPP) constituent un élément central de la biologie. Avec l’émergence d’AlphaFold, la prédiction in silico des IPP est devenue d’une précision sans précédent et constitue aujourd’hui un outil incontournable en bio-informatique. Ces approches générent des hypothèses solides sur les réseaux d’interactions moléculaires, et améliorent la compréhension de la structure et du fonctionnement de systèmes biologiques complexes.

Les bactéries disposent de systèmes sophistiqués pour sécréter des protéines et dialoguer avec leur environnement. Si certaines protéines chaperonnes impliquées dans ce processus sont bien connues, de nombreuses protéines sécrétées restent encore à découvrir, et les mécanismes moléculaires qui gouvernent leur recrutement demeurent largement méconnus. L’objectif du stage est d’explorer ces mécanismes en s’appuyant sur des prédictions d’interactions et des approches structurales.

Pour répondre à ces questions encore ouvertes, le stage s’appuiera sur PPIFold (Rouger et al., 2024, Bioinformatics Advances) et sur l’expertise de l’équipe T4- SECRET dans l’étude des systèmes de sécrétion. Une attention particulière sera portée à la création d’outils accessibles à la communauté scientifique, et les prédictions à grande échelle d’interactions protéine–protéine seront valorisées à travers la création d’une base de données dédiée.

Profil recherché :
Diplômes : Master 2 ou diplôme équivalent en bio-informatique, biologie structurale, biologie computationnelle ou domaines connexes.
Compétences appréciées : intérêt marqué pour la biologie structurale et le développement d’outils bio-informatiques, avec une bonne maîtrise de la programmation (Python).
Qualités attendues : autonomie, curiosité scientifique et sens du travail en équipe dans un environnement interdisciplinaire.