Mots-Clés
étude d’association
GWAS
génétique
analyse de données
neuroimagerie
Description
Contexte du projet :
La sclérose en plaques (SEP) est une maladie auto-immune du système nerveux central, caractérisée par des lésions inflammatoires accompagnées de démyélinisation et disséminées spatialement et temporellement au sein du cerveau et/ou de la moelle épinière.
Des études suggèrent que la localisation de la distribution des lésions (cerveau vs moelle) varie selon les patients (Tintore et al. 2015), (Arrambide et al. 2018), (Ciccarelli et al. 2019), (Kerbrat et al. 2020). Cependant, à ce jour, et malgré la valeur pronostique majeure des lésions de la moelle épinière sur l’incapacité ambulatoire ultérieure (Brownlee et al. 2019), les facteurs génétiques influençant cette localisation préférentielle chez certains patients restent peu étudiés.
Objectifs et implication de l’étudiant dans le projet :
Les objectifs principaux de ce projet sont les suivants :
- Identifier ou confirmer les variants génétiques associés à la répartition des lésions (cerveau ou moelle épinière) dans l’ensemble d’une large cohorte de patients atteints de sclérose en plaques
- Identifier ou confirmer les variants génétiques associés à la répartition des lésions (cerveau vs moelle épinière) dans des sous-groupes extrêmes de patients.
Les patients inclus dans la cohorte nationale OFSEP HD (clinical trials ID : NCT03603457) et ayant des données d’imagerie cérébrale et médullaire et des données de génotypage disponibles seront étudiés. Les données de génétique pour chaque patient ont déjà été obtenues par l’équipe NEMO et les données de neuroimagerie (concernant la distribution des lésions entre le cerveau et la moelle épinière) sont en cours de recueil par l’équipe EMPENN (Inria/IRISA, UMR CNRS 6074) située à Rennes.
Dans le cadre de cette collaboration entre l’équipe NEMO et EMPENN, l’étudiant sera amené à faire une étude d’association génétique avec la distribution de la localisation des lésions dans l’ensemble de la cohorte et dans des sous-groupes extrêmes (définis en fonction de leurs profils de distribution des lésions). L’influence potentielle de différents co-facteurs environnementaux sera également étudiée.
Pré-requis :
- Connaissances en bioinformatique et analyse de données. Les logiciels prévus sont Plink et R, principalement. La maîtrise de R, de bash et des connaissances en cluster de calculs sont souhaités.
- Curiosité scientifique, rigueur et organisation.
Comment postuler : Envoyez CV et lettre de motivation
Références :
Arrambide, Georgina, Alex Rovira, Jaume Sastre-Garriga, Carmen Tur, Joaquín Castilló, Jordi Río, Angela Vidal-Jordana, et al. 2018. “Spinal Cord Lesions: A Modest Contributor to Diagnosis in Clinically Isolated Syndromes but a Relevant Prognostic Factor.” Multiple Sclerosis 24 (3): 301–12.
Brownlee, Wallace J., Dan R. Altmann, Ferran Prados, Katherine A. Miszkiel, Arman Eshaghi, Claudia A. M. Gandini Wheeler-Kingshott, Frederik Barkhof, and Olga Ciccarelli. 2019. “Early Imaging Predictors of Long-Term Outcomes in Relapse-Onset Multiple Sclerosis.” Brain: A Journal of Neurology 142 (8): 2276–87.
Ciccarelli, Olga, Jeffrey A. Cohen, Stephen C. Reingold, Brian G. Weinshenker, and International Conference on Spinal Cord Involvement and Imaging in Multiple Sclerosis and Neuromyelitis Optica Spectrum Disorders. 2019. “Spinal Cord Involvement in Multiple Sclerosis and Neuromyelitis Optica Spectrum Disorders.” Lancet Neurology 18 (2): 185–97.
Kerbrat, Anne, Charley Gros, Atef Badji, Elise Bannier, Francesca Galassi, Benoit Combès, Raphaël Chouteau, et al. 2020. “Multiple Sclerosis Lesions in Motor Tracts from Brain to Cervical Cord: Spatial Distribution and Correlation with Disability.” Brain. https://doi.org/10.1093/brain/awaa162.
Tintore, Mar, Àlex Rovira, Jordi Río, Susana Otero-Romero, Georgina Arrambide, Carmen Tur, Manuel Comabella, et al. 2015. “Defining High, Medium and Low Impact Prognostic Factors for Developing Multiple Sclerosis.” Brain: A Journal of Neurology 138 (Pt 7): 1863–74.