Mots-Clés

Bioinformatique

Description

Description

Vous rejoindrez l’unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI) et serez rattaché.e à SIGENAE (https://www.sigenae.org/), une plateforme composées d’ingénieur-e-s en bioinformatique expert-e-s dans l’analyse de données omiques et positionnés au sein des équipes de recherche pour favoriser les interactions avec les scientifiques. Vous évoluerez dans un environnement favorisant les échanges entre spécialistes de la bioinformatique, de la génétique et des sciences du vivant au sein de INRAE, département Génétique Animale.

Vos activités s’inscriront dans un contexte marqué par le développement rapide des technologies de séquençage et l’augmentation des volumes de données à traiter. Vous contribuerez à l’analyse de données issues de différentes espèces animales d’élevage, avec un intérêt particulier pour les technologies de séquençage long read et leurs applications en génomique.
Ce poste constitue un levier important pour renforcer les capacités d’analyse génomique avancée, accompagner des projets de recherche d’envergure nationale et internationale et favoriser les collaborations entre bioinformatique, génétique moléculaire et génétique quantitative. Vos travaux contribueront directement à la production de connaissances et à leur valorisation scientifique. Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :

Analyse bioinformatique et développement d’outils :

• Concevoir, développer, évaluer et optimiser des pipelines d’analyse pour les données issues des technologies de séquençage long read
• Mettre en œuvre et adapter des workflows standardisés pour des projets de recherche à grande échelle
• Traiter des données génomiques massives : assemblage, annotation, détection de variants ponctuels et structuraux, construction de pangénomes
• Développer et optimiser des pipelines dédiés au traitement de séquences génomiques bovines
• Participer à l’interprétation des résultats et à leur valorisation scientifique

Appui aux projets et gestion des données :

• Conseiller les équipes scientifiques dès la conception des projets sur les plans expérimentaux, les choix méthodologiques et les ressources de calcul
• Accompagner la mise en œuvre des analyses bioinformatiques adaptées aux besoins des projets
• Contribuer à l’organisation, à la structuration et à la pérennisation des données et métadonnées sur les infrastructures de calcul et les entrepôts de données
• Participer à des projets collaboratifs nationaux et internationaux

Formation et animation scientifique :

• Former et accompagner les utilisateurs aux outils et aux bonnes pratiques en bioinformatique
• Assurer une veille sur les évolutions technologiques et méthodologiques du domaine
• Contribuer au partage et au transfert de compétences au sein de l’unité et du réseau métier en bioinformatique

Vous interagirez quotidiennement avec des chercheur-ses, ingénieur-es et doctorant-es et participerez activement à la dynamique collective des équipes et du réseau national de bioinformatique (CATI Bios4Biol).
Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d’attribution de ladite prime.

Des déplacements ponctuels sont à prévoir dans le cadre de collaborations nationales et internationales.